土壤酶是指由土壤微生物、植物根系分泌物和动植物残体分解过程中释放的酶，是生态系统中最为活跃的生物活性物质。土壤酶种类繁多，为了实现各种土壤酶检测以及实际应用方面的问题，必须对土壤酶进行分类。
1. 根据酶催化反应的类型和功能，土壤酶活性研究主要包括以下4大类：
(1) 土壤氧化还原酶：是指土壤中催化氧化还原反应的酶，在生物的能量传递和物质代谢方面具有重要作用。主要包括土壤过氧化物酶、土壤过氧化氢酶、土壤硝酸还原酶、土壤脱氢酶等。
(2) 土壤水解酶：是土壤中能将蛋白质、多糖等大分子物质裂解成简单的、易于被植物吸收的小分子物质的一类酶，在土壤碳、氮循环过程中发挥重要作用。主要包括土壤淀粉酶、土壤蛋白酶、土壤磷酸酶、土壤脲酶等。
(3) 土壤转移酶：是土壤中催化某些化合物中基团的分子间或分子内转移伴随能量传递的一类酶，在核酸、脂肪和蛋白质代谢以及激素合成转化过程中具有重要意义。主要有土壤转氨酶、土壤氨基转移酶、土壤葡聚糖蔗糖酶等。
(4) 土壤裂解酶：是指土壤中催化有机化合物化学键非水解裂解或加成反应的酶。主要包括土壤谷氨酸脱羧酶、土壤天冬氨酸脱羧酶等。
2. 根据酶在土壤中的分布规律，土壤酶可以分以下2类：
(1) 生物酶：主要与游离的增殖细胞密切相关，包括细胞质中的胞内酶、细胞表面的酶和外周质空间的酶。
(2) 非生物酶：是指土壤中不具有生命的酶，性质非常稳定，包括以下3种：
A. 活细胞生长和分裂过程的排泄物
B. 与死细胞或细胞碎屑有关的酶
C. 从细胞内渗透到土壤中的酶
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