RNA 结合蛋白(RBPs)与RNA分子相互作用,对RNA的合成、选择性剪接、修饰、转运和翻译等生命活动的调控具有重要作用。因此,研究RBPs的分离技术对研究RNA与蛋白的互作具有重要意义。前期,科学家们系统地分离了细胞内mRNA结合蛋白,但这只是众多转录本中的一部分,细胞还包含了很多非polyA RNA。近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员Miguel Esteban、张必良和副研究员鲍习琛领衔的科研团队在Nature Methods杂志在线发表了题为“Capturing the interactome of newly transcribed RNA”的论文,报道了一种新的RNA结合蛋白分离技术——RICK技术,该技术是全面分析细胞内的RNA-蛋白相互作用的重要工具,有助于揭开基因组中非编码RNA的未知功能。
该研究开发的新技术被称为RICK(Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry)技术。该技术利用核酸标记技术,巧妙地将新合成的RNA标记上生物素,通过链霉亲和素偶联的磁珠,分离得到相应被标记RNA分子和与其相结合的蛋白分子。 通过这一技术,研究人员系统地分离了包括非polyA尾RNA和新生RNA在内的一系列RNA分子及其结合蛋白。进一步地分析发现,细胞分裂调控因子作为新的RNA结合蛋白,存在结合非polyA尾RNA的潜能。研究人员缩短标记的时间,成功地在细胞中分离了新生RNA结合蛋白。这些蛋白与新生RNA的转录及后续的加工、剪切等调控密切相关。这一技术的应用将有助于深入地剖析RNA结合蛋白的作用机制,也是细胞命运转变过程中分析RNA蛋白相互作用的重要工具。
RICK技术原理图
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