(一)选题把握不准
选题是确定毕业论文研究的方向，是毕业论文写作的第一步。即使教学学院给提供了一些参考选题，但学生在选题时仍有不少问题。主要表现在：一是追求热点，对药品现代物流、医药卫生体制改革、公立医院改革、药妆等兴趣浓厚，选此类热点课题的多，能够创新的少;二是游离在所学专业或毕业实习之外，如在苏州礼来公司实习的医药贸易专业学生选题是“当前我国经济形势下的公路建设与发展”，在药品经营企业仓库实习的学生选题是“税收政策与促进就业的思考”，在山东步长制药实习的学生选题是“目前我国发展保障性住房的政策分析”等;三是理论性太强，选题难度太大，超出了本科生能够把握的范围，如在药品检验所实习的同学选题是“药品供应保障体系构建研究”。
(二)拼凑现象严重
学生通过网络查找资料比较普遍，网络给学生带来便捷的同时，也打开了惰性的方便之门。直接从网络上下载他人的文章当然是严令禁止的，但拼凑却是屡禁不止。一是拼凑法，从网络上下载几篇同类型的论文，通过剪接拼凑成一篇论文，往往结构混乱，内容不完整，甚至自相矛盾;二是雷同法，几个同学的论文题目略有差异但内容雷同，甚至仅是顺序安排上略有差异;三是穿越法，为通过文献检索方法核查，把不同专业师兄师姐或不同年度的毕业论文，稍作修改或拼凑，没有创新。
(三)文献使用不规范
毕业论文写作要求本科生学会检索和使用参考文献，但难如人意。一是在正文中不注明资料来源，特别是数据资料，对从互联网取得的资料往往不注明网址;二是不了解参考文献标注的格式，同一篇论文中标注方式各不相同，不了解对报纸、网站、会议的标注格式;三是不熟悉参考资料引用的要求，出现正文标注的与文后的参考文献无对应;四是引用文献过于陈旧;五是引用文献过长，甚至涉嫌抄袭。
(四)行文不严谨
毕业论文写作要求本科生展现科研论文的写作能力，有时差强人意。一是思路不清晰，缺乏基本学术论文写作训练;二是基本概念解释不清楚，下定义的能力不够;三是凑字数，为达到毕业论文字数要求，可有可无的材料大量引用，如“某某药品的市场营销策略”，在绪论中把该种药品的说明书一字不落地抄下来;四是文章内容前后关联性不强，在原因分析、对策建议等方面，没有针对存在的问题进行分析。
(五)摘要撰写混乱
毕业论文摘要撰写混乱主要表现有：一是没掌握毕业论文摘要撰写规则，目的不明确，方法交待不清，结果、结论模糊;二是摘要内容与正文关联性不强。特别是正文在导师指导后有了重大修改，在摘要里没有体现;三是英文摘要质量不高，有的甚至从网络上下载翻译软件“写作”英文摘要，以致出现语病、笑话也就不足为奇了。
(六)格式不规范
论文格式是毕业论文外在形式，但学生上交的毕业论文，格式五花八门。一是标题序号不一致，多种序号混用;二是图表不编号或编号混乱，甚至为扫描或截图;三是数据不一致，使用不同的单位;四是全角、半角混用等。
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