一、微生物肥料的作用原理
一般讲的微生物肥料，其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料，人们俗称为“菌肥”。
微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮细菌（菌剂）”、“解磷细菌（菌剂）”、“解钾细菌（菌剂）”、“腐解细菌（菌剂）”等。这些微生物菌剂都可以选择性地为农业生产服务。
微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。例如：以固氮细菌为主的微生物肥料能通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用——即“固氮”作用；以解磷细菌为主的微生物肥料则通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用——即“解磷”作用；以解钾细菌为主的微生物肥料主要作用是，通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用——即“解钾”作用。同时，微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。
总的来讲，微生物菌肥的作用就是细菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。所以，微生物的作用是“作用”于土壤中、“反应”在作物上。如果土壤养分太低，微生物肥料（菌剂）也无回天之力，还得加施有机肥或化肥。
二、微生物肥料的功效
1、改善土壤结构，提高土壤肥力。微生物肥中的一些固氮菌，可以增加土壤中的氮素来源，多种溶磷、解钾菌可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能够吸收利用的速效磷、钾化合物，使作物生长环境中的营养元素供应增加。一些微生物肥料的应用还增加了土壤中的有机质，促进土壤团粒结构的生成，提高土壤肥力。长期使用微生物肥，可使原来比较板结的土质变得更加松软、透气，而且保水、保肥性能也有了提高。
2、减少病虫害，增强作物的抗病能力。微生物肥料中的有益微生物在作物根系周围大量生长繁殖，形成优势菌群，占据病原微生物的生存空间，阻挡了病原微生物对作物的侵害。其次，微生物所分泌的杀虫抗菌类物质，具有一定的杀虫抗菌作用。这些物质在根部能够增强了作物的抗病能力，使作物避免土传性病原菌的侵害，降低发病率。
3、促进生长，增加产量。使用微生物肥料后，微生物产生的如赤霉素、生长素和其他生理活性物质，促进了作物的生长发育，特别是根系发育，发达的根系提高了作物养分吸收能力，使作物的生长发育速度加快。尤其是一些光合细菌制剂，喷洒在作物叶面后，作物枝叶茂盛，叶面积增大，使作物的光合作用显著增强，作物生长加速，开花早、结果多、产量高。
4、改善产品品质。由于微生物的活动，均衡了土壤中养分的供应，防止了作物对氮素肥料的过量吸收，蛋白质、糖分、维生素含量提高，硝酸盐含量下降，作物品质明显改善，口味好、保鲜时间延长。据实验测定，施用微生物肥料和嘉美红利的田块与对照相比，产品中硝酸盐含量降低20-30%，维生素C含量提高30-40%，可溶性糖提高1-4度。可以有效地改善蔬菜和果品的外观，提高氨基酸含量、降低重金属等有害物质含量。
5、减少污染，改善生态环境。微生物肥有较好的肥效，能够增强作物的抗病能力，使用微生物肥能够减少30%的化肥用量，同时减少农药用量，从而减少环境污染，降低农药残留，促进农业可持续发展。
三、施用微生肥的注意事项
1、微生物肥料对土壤条件要求比较严格。肥料施入到土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后可以发挥作用，见到效果，而且长期均衡地供给作物营养。
2、微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
3、微生物肥料应避免高温干旱条件下使用。施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。
4、微生物肥料不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进微生物活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长繁殖，微生物肥料适合的土壤含水量为50%-70%。
5、微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
6、微生物肥料应避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，一次用完，包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
7、避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供矿质营养养分为主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料，农家肥、商品有机肥、有机活化营养套餐肥嘉美红利、赢利来都要在不同时期使用，微生物肥料在肥沃的土壤、有机质含量高的土壤上效果更好。
8、注意微生物肥料的肥效条件。微生物肥料肥效的发挥既受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素；又受到外界其他因子的制约，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因此微生物肥料从选择到应用都应注意合理性。
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