miRNA研究分析方法整理

1.   miRNA靶基因预测分析

miRNA是非编码RNA，不能编码蛋白，它只能通过调控靶基因的表达，参与生物功能。

基于预测工具，获得miRNA调控的靶基因，以及对应的结合位点信息。这是最常见的miRNA生信分析。可能结果展示：

miRNA调控靶基因预测结果表

miRNA-target网络图

2.   miRNA功能分析

基于miRNA的靶基因信息，分析miRNA的功能，主要包括GO富集分析和KEGGpathway富集分析，获得重要miRNA的功能。可能结果展示：

miRNA的功能分析，横坐标代表miRNA，纵坐标代表富集的功能。节点代表显著富集程度。

miRNA的功能分析，横坐标代表miRNA，纵坐标代表富集的功能。红色代表显著富集。

3.   ceRNA分析

即竞争性内源RNA分析，是近两年非常热门的研究方向。不同的RNA可以通过miRNA结合位点原件，竞争性的调控其他RNA。在这个调控关系里，miRNA起到关键作用。可能的结果展示：

ceRNA调控关系图（彩色节点是miRNA，黑色节点是LncRNA，灰色是mRNA）

4.   miRNA测序分析

二代测序是目前做分子层面最常用的实验手段。它可以高通量的对所有相关miRNA进行分析，然后获得和研究方向最相关的miRNA结论。可能的结果有：

miRNA测序分析流程

miRNA的聚类热图分析

差异表达miRNA-target网络图。A代表差异上调miRNA靶基因调控关系；B代表差异下调miRNA靶基因调控关系

5.   其他分析

转录因子（TF）-miRNA分析，miRNA活性分析，miRNA功能协同网络分析，miRNA共表达分析等等。可能的结果图：

图例：TF-miRNA-target网络图

6.   miRNA的研究现状

小RNA（Small RNA）是一类重要的体内调节分子，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。小RNA可参与基因转录后调控，调节细胞生长、分化，以及个体发育、生殖等重要生物学过程。

近年来，对小RNA的研究越来越热门，我们通过NCBI pubmed（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）数据库检索结果可以发现，小RNA的pubmed文献篇数逐年增加，尤其是2010年之后更是突破了10000篇该方向的研究文献（图1）。而中国作为科研大国，小RNA的pubmed文献篇数仅次于美国，位列世界第二（图2）。而在2015年的国家自然科学基金项目中（http://isisn.nsfc.gov.cn/egrantindex/funcindex/prjsearch-list），初步统计有700多个和小RNA相关的项目，项目涉及总金额近4亿（表1）。

图1 不同时间点小RNA相关的pubmed文献篇数

图2 不同国家发表的小RNA相关pubmed文献篇数（TOP10）