第一章:绪论(2课时)
1.1 课程介绍
1.2 探索生物信息学神秘岛
1.3 生物信息学是神马
1.4 这门课学神马
第二章:生物数据库 第一部分(2课时)
2.1 为什么需要生物数据库
2.2 生物数据库分类
2.3 文献数据库:PubMed
2.3.1 Pubmed基本使用
2.3.2 Pubmed高级搜索
2.4 一级核酸数据库
2.4.1 GenBank:原核生物核酸序列(1)
2.4.1 GenBank:原核生物核酸序列(2)
2.4.2 GenBank:真核生物核酸序列mRNA
2.4.3 GenBank:真核生物核酸序列DNA
2.4.4 基因组数据库:Ensemble
2.4.5 微生物宏基因组数据库:JCVI
2.5 二级核酸数据库
第二章:生物数据库 第二部分(2课时)
2.6 一级蛋白质序列数据库:UniProtKB
2.6.1 UniProt数据库介绍
2.6.2 UniProtKB数据库注释解读(1)
2.6.2 UniProtKB数据库注释解读(2)
2.7 一级蛋白质结构数据库:PDB
2.7.1 PDB数据库介绍
2.7.2 PDB文件注释解读
2.7.3 PDB文件3D展示:Jsmol
2.8 二级蛋白质数据库
2.8.1 蛋白质结构域家族数据库:Pfam
2.8.2 蛋白质结构分类数据库:CATH
2.8.3 蛋白质结构分类数据库:SCOP2
2.9 专用数据库
2.9.1 京东基因与基因组百科全书:KEGG
2.9.2 人类孟德尔遗传在线:OMIM
第三章:序列比较 第一部分(2课时)
3.1 认识序列
3.2 序列相似性
3.3 替换记分矩阵
3.3.1 DNA序列的替换记分矩阵
3.3.2 蛋白质序列的替换记分矩阵(1)
3.3.2 蛋白质序列的替换记分矩阵(2)
3.3.3 一致度和相似度的计算
3.4 序列两两比较:打点法
3.4.1 打点法的用途
3.4.2 Dotlet在线打点工具:界面介绍
3.4.3 Dotlet在线打点工具:实例
3.5 序列两两比较:序列比对法
3.5.1 双序列全局比对及算法
3.5.2 双序列局部比对及算法
3.6 一致度和相似度的正确算法
第三章:序列比较 第二部分(2课时)
3.7 在线双序列比对工具
3.7.1 EMBL双序列比对工具:全局比对工具
3.7.2 Gap的类型及分值设置
3.7.3 EMBL双序列比对工具:局部比对工具
3.7.4 其他在线双序列比对工具
3.8 BLAST搜索
3.8.1 BLAST是怎么工作的?
3.8.2 BLAST的种类
3.8.3 NCBI:BLASTp
3.8.4 NCBI:PSI-BLAST
3.8.5 NCBI:PHI-BLAST
3.8.6 其他BLAST
第三章:序列比较 第三部分(2课时)
3.9 多序列比对介绍
3.9.1 多序列比对的用途及算法
3.9.2 多序列比对的注意事项
3.10 在线多序列比对工具
3.10.1 EMBL 多序列比对工具:Clustal Omega
3.10.2 TCOFFEE 多序列比对工具:Expresso
3.10.3 多序列比对的保存格式
3.11 多序列比对的编辑和发布:Jalview
3.11.1 Jalview的介绍和操作
3.11.2 Jalview的编辑和发布
3.12 寻找保守区域
3.12.1 序列标识图:Weblogo
3.12.2 序列基序:MEME
3.12.3 PRINTS指纹图谱数据库
第四章:分子进化及系统发生(2课时)
4.1 概述:智慧设计论、拉马克主义、达尔文主义
4.2 基本概念:进化史、分子进化、三种不同的homologs、基因平移与网状树
4.3 系统发生树:基本概念、有根树与无根树、物种树与分子树
4.4 系统发生树的构建:方法、软件的选择、序列的选择
4.5 用MEGA5建NJ树
4.6 用MEGA5建ML树
第五章:蛋白质结构预测与分析 第一部分(2课时)
5.1 蛋白质的结构
5.2 蛋白质二级结构
5.2.1 DSSP指认二级结构
5.2.2 PDB获取二级结构
5.2.3 软件预测二级结构
5.3 蛋白质三级结构
5.3.1 PDB获取三级结构
5.3.2 三维结构可视化(1)软件介绍,VMD:file & mouse
5.3.2 三维结构可视化(2)VMD:representation
5.3.2 三维结构可视化(3)VMD:multiple representations
5.3.2 三维结构可视化(4)VMD:display & lable
第五章:蛋白质结构预测与分析 第二部分(2课时)
5.4 计算方法预测三级结构
5.4.1 同源建模法:SWISS-MODEL
5.4.2 穿线法:I-TASSER
5.4.3 从头计算法:QUARK
5.4.4 综合法:ROBETTA
5.4.5 模型质量评估
5.5 三级结构的比对
5.5.1 SuperPose叠合和RMSD
5.5.2 SPDBV和选择叠合
5.6 蛋白质分子表面性质
5.6.1 VMD创建PSF文件
5.6.2 VMD&APBS计算表面电荷分布
5.6.3 VMD显示表面电荷分布
第五章:蛋白质结构预测与分析 第三部分(2课时)
5.7 蛋白质四级结构
5.7.1 获取四级结构
5.7.2 蛋白质-蛋白质分子对接:ZDOCK
5.7.3 蛋白质相互作用分析:PDBePISA
5.7.4 蛋白质-小分子分子对接(1):AutoDock的安装
5.7.4 蛋白质-小分子分子对接(2):AutoDock的使用-预处理
5.7.4 蛋白质-小分子分子对接(3):AutoDock的使用-对接
5.7.5 虚拟筛选(1):介绍及ZINC数据库
5.7.5 虚拟筛选(2):AutoDock虚拟筛选
5.7.6 反向对接
5.8 分子动力学模拟
第六章:基因组学与蛋白质组学(2课时)
第七章:统计基础(1课时)
第八章:基本序列算法(1课时)
8.1 后缀树
8.2 最高分子序列问题
第九章:数据挖掘(2课时)
9.1 什么是数据挖掘(1):概念介绍
9.1 什么是数据挖掘(2):应用举例
9.2 数据库系统
9.3 机器学习
9.3.1 机器学习的主要任务、K次交叉检验
9.3.2 机器学习的常见算法
9.4 WEKA的使用
9.4.1 WEKA中的术语
9.4.2 WEKA的数据类型
9.4.3 ARFF文件格式的转化
9.4.4 WEKA的使用
9.4.5 WEKA的应用实例
第十章:编程基础和网页制作(2课时)
10.1 Linux系统
10.2 Perl语言
10.3 网页制作HTML
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