银翘散具有辛凉透表，清热解毒的功效，凡热在卫分之证均可治之，适应证较为广泛，其临床运用主要有以下几个方面。
1．内科
本方常用于感冒的治疗。感冒是因感受触犯风邪，邪犯卫表所致的常见外感疾病，临床当首辨风寒、风热，以及是否兼夹正虚等。银翘散对风热感冒尤为适宜，但临床使用时应注意根据具体情况进行加减变化。
全国名老中医、北京中医药大学赵绍琴教授在临床上对热郁重，脉滑数，口干而咳者，常在银翘散的基础上加桑叶10g，白蒺藜10g；若口渴重，阵阵汗出，脉滑数有力者，加生石膏12g（先煎）；若咳嗽重，痰不多者，加杏仁10g，浙贝母10g，苏子10g。若在春末夏初，体弱之人感受温热之邪除具有一般卫分证外，兼见脉微濡软，舌苔薄白腻而根厚，头沉重而不欲食，可加入轻扬宣化之品如大豆卷、山栀、前胡、杏仁等。
全国名老中医、江西中医学院万友生教授认为，银翘散属辛凉平剂，方中泄卫解热药较多，故能主治以卫分全身反应为主的表热实证。但吴氏所谓“恐病轻药重，故另立轻剂方”，并不意味着银翘散方不适用于太阴风温轻病，因其散方煎服法中已明言病重、病轻都可服，只是有多少次数不同而已。在临床上每将两方合用（即银翘散加桑叶、菊花、杏仁），根据病情轻重灵活掌握药量，疗效都较满意，并无病情轻重或病轻药重之弊。而且银翘散方加了桑叶、菊花、杏仁，既增强了肃肺之功，又增强了护阴之力（桑、菊都兼有益阴作用）。
李顺保认为，温病初期除发热外，恶寒、口渴均为自觉症状，病人主诉和症状描述差异很大，在掌握银翘散适用证稍有困难，根据其长期临床经验，凡温病初期见咽喉壁充血、扁桃体肿大充血、小便淡黄者，即可投服银翘散或银翘解毒片（丸）。
2．儿科
（1）急性肾小球肾炎：急性肾小球肾炎属中医“风水”范畴，多因风邪外袭，客于肺卫，肺气郁遏，肺失宣降，上不能宣发水津，下不能通调水道，输于膀胱，以致风遏水阻，水湿郁于肌肤而发为水肿。治疗可用银翘散加减，方中金银花、连翘疏风清热解毒，桔梗、牛蒡子等开宣肺气，再加白茅根以利尿消肿，同时配合活血化瘀之品，共奏疏风解表、宣肺行水之功，药后风热散，肺气宣，水道通，则诸症愈。
（2）肾病综合征：肾病综合征属于中医“水肿”范畴，“其本在肾，其末在肺”，其发病与外感六淫及肺脾肾功能失调有关。而外感、水湿、湿热、瘀血及湿浊是促进肾病综合征发生发展的重要环节，与肺脾肾三脏虚弱之间互为因果。患儿肺脾气虚兼有风热，热象明显者，可用银翘散疏风清热祛除表证；并辅以玉屏风散益气固表增强机体抗邪能力；肾病久病多瘀，故可在此基础上配以活血化瘀之品。
（3）病毒性心肌炎；病毒性心肌炎属于中医“心悸”、“胸痹”、“风温”等范畴。小儿脏腑娇嫩，形气未充，易遭风热时邪所侵。外感时邪，首犯肺卫，继则蕴郁肠胃，邪毒由表人里，留而不去，内舍于心，导致心脉痹阻，心血运行不畅，而成胸痹、心悸之证。银翘散具有辛凉宣透、清热解毒之功，随证加减，可祛风热之邪，从而调和气血，畅行血脉，因此可用于治疗风热邪毒犯心引起的病毒性心肌炎。
3．皮肤科
本方加减可用于治疗“白疕”。白疕类似于现代医学的“银屑病”。其中，急性点滴状银屑病多为急性发作，皮肤损害为点滴状发于全身皮肤的鳞屑性斑疹，基底鲜红，伴有瘙痒。部分患者发病前有咽痛、扁桃体红肿等表现。中医辨证多属风热型，用银翘散去豆豉，加细生地、丹皮、大青叶、倍元参加味治疗，既有宜疏风散热之功，又有凉血养阴之效。
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