有很多人在弄LncRNA研究吧,估计是这样的,那一般的LncRNA研究到底需要做些什么?要深入了解这个问题,我们需要从这四方面入手:
也就是:最基本的表达分析、表型功能实验、机制分析和临床数据。不管是好蚊帐还是Low蚊帐,做完这几方面也基本上能成型了。那我们继续再将每个node深入分析:
表达分析我们要做什么?就是体内表达和体外的细胞表达两种。表型功能实验又要细分成体外细胞表型,体内细胞表型和体内的基因表型,没错下游基因的表达变化,我们在这里也作为一种表型来进行分析。机制的话,其实LncRNA的机制就这么几种、转录调控、转录后调控和蛋白调控。可能你们最最喜欢用的就是LncRNA的转录后调控,因为这个做起来最简单。临床数据,除了体内的基因表达,还需要结合生存曲线等等表型。
那我们再往下细分。
比如体外的表达还需要做什么啊?LncRNA是不会去做Western的,所以都是RNA表达分析。那功能实验呢?就肿瘤而言,就是什么增殖、迁移、侵袭、自噬、凋亡,现在还多了个外泌体。机智方面,刚才说的LncRNA的转录后调控,其实就是作为MiRNA的Sponge。而转录调控呢?就需要研究LncRNA与转录因子的结合了。蛋白的调控并不常见,比如2015年有一篇LncRNA作为NFkappaB磷酸化位点的MASK的文献。这样的机制,理论上难度会更大。
呃,弄完整个思路的脑图,会变成这样:
机智的童鞋会识别一下这个小程序码,应该就能看到图了。
李莫愁博士:对于思路,其实都是大家慢慢自己累积的一个过程。有的时候,不能完全把握所有的文献或者所有的Nodes,你可以一点点累积自己脑中的思路,把它最终完善成一张完整的脑图。好啦,大家有兴趣的话,自己也去画画看吧。整理一下思路也是挺不错的呢。今天就先策到这里吧。
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