小编又要开始放大招啦。
从现在起，小编将会陆续进行科研思路分享系列，今天给大家推荐的是m6A RNA甲基化第一部分，下周是甲基化第二部分，随后是gRNA文库、外泌体、自噬等相关内容，如果各位有其他需求的可以留言给我们哦。
01
m6A RNA甲基化
近年来，科学家们首次发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A，即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子发生甲基化修饰（N6-methyladenosine，m6A）。研究发现，m6A是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰，m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。
02
整体研究思路
关于m6A甲基化的研究，目前有多种思路可供选择。下面提供的思路供大家参考，但是针对所提的研究方法可以根据自身实验设计进行延伸和拓展。
先从原有的表达谱芯片数据或转录组数据中，挖掘到差异表达的甲基化酶；
对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进行qPCR验证，并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变；
在细胞（动物模型可选）中对这些酶进行敲低和过表达，进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况，并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平；
继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化；
找到甲基化酶调控的靶基因，进行敲低和过表达，看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救；
在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后，对靶基因上的motif进行点突变后进行验证；
鉴定新型的甲基化酶（可选）。
直接进行m6A-seq和转录组测序，找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、WB等方法验证，此外找到m6A有差异的基因；
对甲基化酶进行敲低和过表达，检测RNA整体的m6A水平，之后可进行转录组或小RNA测序等方法检验甲基化酶敲低和过表达对mRNA或miRNA整体的影响，并着重研究第一步中感兴趣的m6A有差异的靶基因；
对靶基因进行敲低或过表达，是否能够对甲基化酶异常表达后的表型进行恢复；
对靶基因上motif进行点突变后进一步确认直接受到甲基化酶调控；
鉴定新型的甲基化酶（可选）。
03
论文发表要求分类
1-4 分杂志
实验要求：通常4分左右的杂志，标配是转录组测序搭配m6A-seq，最后通过对m6A-seq中的数据和图表进行罗列后就能发表一篇小论文了。这一类杂志和文章的要求通常不会含有太多的后期验证实验，基本上是对测序结果进行罗列展示以及配合qPCR或LC-MS/MS就差不多了。
实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、qPCR、LC-MS/MS或m6A比色法、小 RNA 测序/小RNA芯片（可选）。
推荐杂志：BMC Genomics、RNA Biology 等二区/三区杂志。
参考文献：Tao, X., et al. (2017). Transcriptome-wide N6-methyladenosine methylome profiling of porcine muscle and adipose tissues reveals a potential mechanism for transcriptional regulation and differential methylation pattern. BMC Genomics, 18(1), 336.
5-7 分杂志
实验要求：摆脱了罗列测序结果的粗暴做法，这类分数的杂志会要求加入细胞实验，动物实验为可选方案。通常的做法是对几种甲基化酶进行敲低、敲除和过表达后，进行一系列的细胞实验。同时对几种感兴趣的靶基因进行qPCR和WB等验证，并对整体mRNA的m6A 水平进行检测。另外，对几种甲基化酶敲低和过表达后，还可以再用测序或芯片等手段来观察究竟哪些基因或小RNA受到了影响。
实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、LC-MS/MS或m6A比色法、小RNA测序/小 RNA芯片、qPCR、WB、敲低/过表达、动物实验（可选）。
推荐杂志：Cell Death & Disease等二区杂志。
参考文献：Warda, A. S., et al. (2017). Human METTL16 is a N6-methyladenosine (m6A) methyltransferase that targets premRNAs and various non-coding RNAs. EMBO Reports, e201744940.
10 分上下杂志
实验要求：在7分杂志的要求再上了一个档次与要求，在前面的基础上需要鉴定出究竟哪些靶基因受到了甲基化酶的调控。然后对这些靶基因进行敲除、敲低和过表达实验，观察是否对甲基化酶表达异常的表型能够进行补救。接下来需要对靶基因上的motif进行点突变验证是否真的受到甲基化酶调控。同时mRNA在出核速度、半衰期等方面也要进行实验进行佐证。
实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、LC-MS/MS或m6A比色法、小RNA测序/小 RNA芯片、qPCR、WB、敲低/过表达、靶基因验证、动物实验（可选）。
推荐杂志：Nature Communications、Nucleic Acids Research、eLife 等一区杂志。
参考文献：Roundtree, I. A., et al. (2017). YTHDC1 mediates nuclear export of N6-methyladenosine methylated mRNAs. eLife,6, e31311.
20 分以上杂志
实验要求：在先前10分杂志的基础上加入动物实验。这类文章通常包含几个特点，即物种首次报道，鉴定出新型的蛋白，报道新的通路与机制，阐释临床问题等。这需要研究者们对科学问题有足够的敏感度，在原先的研究基础上进行更加深入的挖掘。
实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、LC-MS/MS或m6A比色法、小RNA测序/小RNA芯片、qPCR、WB、敲低/过表达、靶基因验证、动物实验、临床实验/药物实验。
推荐杂志：Cancer Cell、 Nature Immunology、 Cell 等顶级期刊。
参考文献：Li Z, et al. (2017). FTO plays an oncogenic role in acute myeloid leukemia as a N6-methyladenosine RNA demethylase. Cancer Cell, 31(1), 127.
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