基于TCGA数据库进行数据挖掘发表的文章是层出不穷,也有一波优秀的TCGA数据分析网页工具涌现出来。DNA甲基化是目前研究得较为深入的表观遗传学修饰,研究时采用最多的是illumina的450K芯片。今天给大家介绍的是一款针对TCGA数据库450K甲基化芯片数据进行分析的工具—MethSurv(https://biit.cs.ut.ee/methsurv/)。
进入网页后,网页左边栏目的选项解读如下:
以STAD的ALK基因在island的1st Exon区域cg02355885探针为例进行分析。我们可以看到分组时的方法,不同的选项表示分组时所选择的切割点不一样,其中best表示为5种切割方法中p-value最显著的点。
下图所示的是密度图,根据分割点的值不一样,将其进行分组。
Splitting of methylation bymedian
可以看到生存分析结果。
我们还可以对不同的临床因素进行分析,分析不同因素对甲基化的影响。
以clinical_stage为例,展示在不同等级的肿瘤中的甲基化的情况。
该网页也显示了生存分析结果的总结,提供图形的下载,也提供超链接可以在其他数据库中查看到该基因的信息。
用户也可以自行选择癌种和染色体,然后直接查看该染色体上探针的生存分析结果。
选择一个探针后,也可以显示生存曲线图。
最后,网页提供每个基因所有探针的热图。用户可以自行选择癌种和基因。
如下图所示的热图中,网页对样本的信息和探针的信息进行了注释。
怎么样,学会了吗?赶紧去研究一下自己感兴趣的基因吧!
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