别看我，我在空调下吹牛编文章

牛B一吹开，课题自然来

今天我们还是继续上次的牛来吹哈，首先回顾一下上次：

上次吹到，挖掘了一个GEO芯片，发现了SKA2的差异表达（得到差异基因

）：

然后发现在SKA2的染色体邻居上，也产生了差不多的差异表达（得到临近基因

）：

于是，我们继续吹哈，首先看一下基因结构，我们会发现：

这俩基因是头碰头怼在一起的，这说明啥呢？说明他俩可能共用一个启动子序列，甚至可能共用一套转录因子，才会导致他们表达模式差不多，于是我们继续看一下在PRR11-SKA2的启动子区域结合的转录因子吧：

抛开POL2啊CTCF之类的不看，为啥不看？聚合酶啥的有啥用啊……我们可以发现有一个转录因子结合上去了，就是GABPA（得到转录因子

）。然后我们验证一下哈，首先是找到他们共有的启动子区段（也就是SKA2基因的-1500到500bp的位置，得到启动子

）：

然后打开Jaspar，bia进去，分析：

结果显示，GABPA确实能结合上去，正链可以作为SKA2的转录因子，负链结合能作为PRR11的转录因子，一举两得：

那GABPA的表达情况怎么样呢？我们还是回到GDS里看了一下，确实在肿瘤中高表达：

当然，我们要接着八一八GABPA这个转录因子，看看这个转录因子能和什么别的基因互作，于是我打开了这个，仅显示有实验验证的关联性：

嗯，这些就是与GABPA有直接作用的蛋白了，但是有一点，就是：

对，有很多实验并不是在人中进行的，只是同源物间的互作，具体还是要验证了才行。当然，我们还能挖出相关的上游信号通路来：

意不意外，这和MAPK和JNK有关哦

……

华丽丽的分割线

李莫愁博士：那这个牛就吹到这里了么？不，还没完呢，换个方向，就还能继续吹的。相信我，即使只有一个差异基因这么一根稻草，也能拽出一头牛出来

。

我们再看看今天吹牛的内容哈，今天我们针对差异表达基因的启动子区，发现了相关的转录因子，然后又挖了一下转录因子相关的蛋白和信号通路。课题就瞬间变成了有鼻子有眼有头有脸的，上有信号通路，下有转录调控的一个完整故事。

那说到验证了，这样的课题要怎么样来验证？简单的就做两个实验就行，第一就是做SKA2和PRR11的表达验证，IHC啊、WB啊、甚至qPCR都可以；第二就是做GABPA的转录调控验证，这个Luciferase就可以了。有这两个验证，就能基本自圆其说了，接着深入的话，可以做信号通路抑制剂的柯霍氏法则分析。这样说不定还真的能变成：

好了，今天就先策到这里吧……

前一篇的链接在这里：这篇你还是别看了，像我这么吹牛没好处的