推荐5个circRNA数据库

1.circBase

http://www.circbase.org/

由德国马克斯·德尔布吕克分子医学中心的Rajewsky课题组开发，收集多个物种的circRNA信息包括人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼。

2.CIRCpedia

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

杨力和陈玲玲研究组开发，是针对circRNA可变剪切和反向剪切的数据库。

3.deepBase

http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

该数据平台收集了约18000个small RNAs、36万个lncRNAs和大约10万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了全面的ncRNA的表达网络。

4.CircNet

http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

是由台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库，它提供了新circRNAs的鉴定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络；circRNA亚型的表达水平；circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列。

5.circRNADb

http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php

首个汇总编码蛋白人类环状RNA的数据库。以hsa_circ_07894为例，介绍了具体的单个环状RNA记录中详细的信息。每个记录包括了基本信息和具体信息两部分，基本信息一栏包含了所对应基因的ID号，基因组序列，链特征，基因名称，组织和细胞来源信息等。具体信息一栏包含了该环状RNA的外显子序列和信息，RNA剪接序列长度，环状RNA的序列信息，IRES和ORF对应信息，预测多肽的基本特征，对应的疾病信息及参考文献。

博士董还给大家分享了circRNA的4点新资讯：

1. circRNA的类型和表达丰度特点给RNA分子研究带来了新的话题；生物信息学和进化学研究帮助我们更进一步认识机体基因分子生物学的复杂性和未知性。

   
   

2. 环状RNA的可变剪切和生成机制的研究，拓展了我们对于RNA转录调控复杂性的认识。

   
   

3. 环状RNA的蛋白翻译研究，让我们对RNA的翻译调控有了新的理解，让“非编码RNA”的定义变得模糊。

   
   

4. 环状RNA通过miRNA sponge或者与蛋白结合等机制参与肿瘤等疾病的发展，逐渐成为医学研究中的新热点。

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