一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具

DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools，是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库，网址链接：http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=site%2Findex。DIANA tools具体可分为miRGen, lncBase, mirPath, mirExTra, microT-CDS五个不同的工具模块，而我们今天要用的是其中用来预测lncRNA-miRNA结合关系的模块：

进入该模块，可以发现，该数据库预测可以有两种方式来看lncRNA和miRNA是否有结合可能性，分别是基于实验基础的“Exprimental module”和纯预测的“Prediction module”。

以Prediction module”为例，我们进去可以看到，可以进行miRNA输入或者lncRNA输入：

或者，当我们只知道有个lncRNA的基因组注释信息时，也没关系，只要在开始的界面进入“Search by location”即可，输入具体的位置信息，也可以：

当我们想看看某个miRNA有哪些可能结合的lncRNA时，只要输入miRNA名字即可：

当我们输入“has-miR-1231”后，下面即显示了可能结合的所有lncRNA信息：

在这里，可以通过在左边“Filters”中设置Threshold值来进行进一步筛选。

通过点开每一个右边的拓展选项，可以看到具体的基因信息：

关于lncRNA注释信息，miRNA的序列信息，有哪些“binding category”都可以看到。点击每个的右边拓展项，可以看到具体的结合位置信息：

当然，如果是通过“Exprimental module”进行的同样检索，还可以看到具体的实验方法来源和具体的检测样本来源等信息：

这是从miRNA的角度，寻找可能结合的lncRNA。同样，直接输入lncRNA，也能反过来寻找可能结合的miRNA：

此外，当你想明确地想知道某个miRNA和lncRNA是否有结合可能性的时候，只要同时把两个输入就可以了：