RNA和蛋白结合预测工具——catRAPID

catRAPID，一个专门用来计算蛋白和RNA结合特性的工具，网站链接：http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group。该工具通过整合secondary structure, hydrogen bonding , van der Waals contributions来预测蛋白和RNA的结合可能性。该网站主要有“catRAPID fragments”、“catRAPID strength”、“catRAPID omics”、“catRAPID express”、“catRAPID signature”、“catRAPID interactions with large RNAs”，一共6个不同的分析模块。

在这里，小编主要从两个比较重要的模块来做介绍：

（1）     catRAPID omics，预测某个lncRNA能和哪些蛋白结合，或者反之。

进入该模块可以看到，可以从RNA入手，或者蛋白入手，进行相应的预测：

以hotair为例，进入RNA序列模块，把hotair的序列信息输入即可：

在下方输入邮箱地址，进行分析。当分析完成后，邮件会提醒分析结果完成，并提供结果链接，进入即可：

可以看到，结果中，会把高结合，中等结合，低结合的蛋白都会非常详细的展示出来，通过这个，我们就可以找到可能和hotair结合的蛋白了。

（2）     catRAPID express，分析RNA和蛋白具体的结合信息

通过第一个分析，我们找到了可能结合的蛋白。那么，他们到底是通过RNA的哪个片段，和蛋白的哪个区域结合呢？这个就需要该模块了：

点击进入该模块，选择“catRAPID express”即可。当然，其他两个模块也都可以用：

以蛋白PES1和lncRNA-ANRIL为例，分别输入蛋白序列和RNA序列，输入邮箱分析即可：

可以看到，结果分别以热图和表格形式来展示具体的结合位置信息。如上图，可以看到该lncRNA的3’端可以和蛋白的N端和C端都非常高的结合。因此，PES1和ANRIL有两个可能的结合位置。

小结

以上以两个非常简单的例子介绍了寻找lncRNA结合蛋白和lncRNA与蛋白结合信息预测。当然，该工具还有其他模块可以使用，大家感兴趣可以自己摸索摸索，里面还有好多宝贝等着大家去挖掘。

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