没错,我就是花了大概30分钟做了篇5分的文章的.说起来你大概有那么点半信半疑……水友们一定都已经跃跃欲试,整装待发了!好的,我给你们演示一下要怎么做哈。
首先打开GEO挑一个芯片,嗯,没错,一个就差不多够了。然后用GEO2R来分析一下:
分析获得的结果呢,大概就是这样的:
然后下载下来(到这里为止,大概是用了5分钟,主要最近NCBI不给力),接着用Excel做一下筛选,q值小于0.05,LogFC绝对值要大于2。
筛出来的这些基因马上到DAVID上去分析一下GO term和KEGG Pathway(大概花了5分钟左右):
接着,打开STRING,然后做一下PPI分析,由于基因数量比较多,所以等了会儿(大概5分钟,到现在已经15分钟过去了,要抓紧啊!):
下载了这些PPI数据后,直接用Cytoscape打开,导入到里面后,用MCODE稍微算一下,就形成了这样的关键性子网络(这里花了6分钟,因为我的电脑破,Cytoscape打开就用了5分半钟):
然后点开KM-Plot,算一下上面那张图里几个关键基因的生存曲线(又是3分钟过去了哈)
时间不多了,打开这个工具,然后看看这几个关键基因是不是在胃癌中都表达比较高(这个是用TCGA做背景的数据库)。首先点进去选择生成箱状图:
接着选一下胃癌:
然后搞定:
没错,胃癌中确实高表达(到这里花了3分钟,主要还是在查旁边的肿瘤缩写)。然后我们搜搜看和这个基因相关的别的基因的相关性吧……
好啦,这些剩下的做完用不了3分钟,收工!接下去就用半年来写文章吧……嗯,是这样的。
李莫愁博士:可能你还是不相信这样的东西能发5分,其实如果不信的话,你就下载一下这篇蚊帐吧,就会有答案啦
:我只是按照顺序,把这篇文献的方法走了一遍,是差不多这么久呢……好了,今天就先策到这里吧,想看这篇文献就自己回复“我要看5分灌水”哈,因为是PMC的免费文献,其实都能自己下
……联系客服