你是否被Cytoscape主页上的这张网络图惊艳过?
你是否被这种粗糙的作图技术刺瞎过?
同样用的是Cytoscape,为何画风完全不同?是因为下载的Cycoscape是假的么?肯定不是。。。那是因为?
因为没有看过本宫写的帖子!
既然封面上的这张图这么养眼,今天就实操演示一下它的画法,希望大家能够学会这套“眼保健操”!
封面这张图是一张蛋白质互作网络图,所以本宫找了一组基因去STRING上分析了一下,然后导出了互作关系的txt文件(上传到网盘中了,链接见文章底部)。
导入txt文件,把孤立节点Edit>>Cut掉
调整一下整体网络风格(选了一种最接近于目标网络图的风格,在此基础上进行微调)
这里顺便介绍一下,Border选项可以在节点边缘添加边框效果
接下来我们调整一下布局样式(选择这个样式是因为边缘的节点样式比较接近于封面图片),中间的节点比较密集,我们稍微拖一下,让它们分散点
封面图片的节点大小是根据节点的Degree来调整的,所以我们先用Centiscape这个插件算出节点的Degree
然后根据节点的Dgree调整节点大小
渐变选项(Continuous Mapping)大致调成10-50
下面开始调整Edge,先把Edge变成曲线,这里用默认选项即可
接下来调整Edge的样式,先调颜色(调了半天,选了这么个颜色~~只能说差不多吧)
后来用PS的拾色器取了看了一下参数
然后调整透明度,根据String数据库分析的combine_score渐变,参数见下图
再调整一下Edge的粗细,还是根据combine_score渐变
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