责编丨迦 溆
乳腺癌是全球女性最常见的肿瘤，也高居癌症相关死亡原因的首位【1】。对于乳腺癌新靶标和新机制的研究一直是该领域的探索热点。然而如何在组学数据提供的大量分子变异中鉴定功能性变异依然是个挑战。
超过90%人类基因要通过可变剪切产生转录本，其中60%的剪切变体会编码出不同的蛋白质异构体【2】。目前已知的癌症十项基本特性都受到异常剪切的调控，而且异常剪切本身已被认为是癌症的基本特征之一，并且是富有临床价值和广阔前景的治疗靶点【3-5】。RNA结合蛋白表达量或活性的变化，能够影响大量癌症相关基因的剪切形式【6】。因此，有必要对乳腺癌中功能性RNA结合蛋白展开系统筛选和深入研究。
复旦大学附属肿瘤医院外科主任兼复旦大学肿瘤研究所所长邵志敏教授团队长期从事乳腺癌相关的临床和基础研究，前不久该团队还首次绘制了中国乳腺癌人群PI3K/AKT通路功能性突变图谱，相关成果发表在Nature Communications杂志上【7】（复旦邵志敏团队首次绘制中国乳腺癌人群PI3K/AKT通路功能性突变图谱）。近日，邵志敏教授、胡欣副研究员合作团队在Cancer Research杂志上在线发表了题为“PHF5A Epigenetically Inhibits Apoptosis to Promote Breast Cancer Progression.”的研究成果，该研究首次利用CRISPR-Cas9文库技术对RNA结合蛋白进行系统性功能筛选，发现了乳腺癌生存依赖的的剪切因子PHF5A，并从可变剪切与表观遗传学角度深入探讨了该分子抑制乳腺癌凋亡的机制，为发掘乳腺癌治疗新靶标提供了理论依据，也为疾病提供了全新的预后标志物。
这项最新的研究中，研究人员利用CRISPR-Cas9文库技术自主开展了对RNA结合蛋白的功能性筛选（下图），并发现了一批癌细胞生长依赖的重要基因，其中PHF5A在多个实验组中排名高居前列。
TCGA、METABRIC、KMplot以及本中心的研究队列显示，PHF5A在乳腺癌组织中普遍存在高表达，并且其高表达指示着较差的预后。生物学功能上，PHF5A缺失会导致癌细胞增殖、迁移和成瘤能力显著受损。
在探索机制过程中，研究人员发现了有趣的现象：作为维持U2剪切体复合物稳定性的必需蛋白，PHF5A起着沟通组蛋白修饰信息与转录本可变剪切的桥梁作用。通过自身的PHD指样结构域，PHF5A能够与启动子区域的组蛋白H3相结合，对该部位的基因序列实施可变剪切（下图）。本研究发现PHF5A所调控的大量剪切事件在凋亡通路上非常活跃。其中，凋亡相关基因FASTK在PHF5A高表达时主要编码抗凋亡形式的蛋白，而在低表达PHF5A的细胞中编码出促凋亡的截短蛋白。
综上，该研究的重要发现在于筛选获得了功能极为显著的剪切因子，深入揭示了可变剪切与表观遗传学信息的内在联系，为相关领域的研究提供了重要启示，也为乳腺癌新靶标的发掘提供了理论依据。
该论文的第一作者为郑以孜博士，共同通讯作者为邵志敏教授和胡欣副研究员。
参考文献：
1. Torre LA, Bray F, Siegel RL, Ferlay J, Lortet-Tieulent J, Jemal A. Global cancer statistics, 2012. CA: a cancer journal for clinicians. 2015 Mar;65(2):87-108. PubMed PMID: 25651787.
2. Wang ET, Sandberg R, Luo S, Khrebtukova I, Zhang L, Mayr C, et al. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature. 2008 Nov 27;456(7221):470-6. PubMed PMID: 18978772. Pubmed Central PMCID: 2593745.
3. Oltean S, Bates DO. Hallmarks of alternative splicing in cancer. Oncogene. 2014 Nov 13;33(46):5311-8. PubMed PMID: 24336324.
4. Hanahan D, Weinberg RA. Hallmarks of cancer: the next generation. Cell. 2011 Mar 04;144(5):646-74. PubMed PMID: 21376230.
5. Lee SC, Abdel-Wahab O. Therapeutic targeting of splicing in cancer. Nature medicine. 2016 Sep 07;22(9):976-86. PubMed PMID: 27603132.
6. Fu XD, Ares M, Jr. Context-dependent control of alternative splicing by RNA-binding proteins. Nature reviews Genetics. 2014 Oct;15(10):689-701. PubMed PMID: 25112293. Pubmed Central PMCID: 4440546.
7. Chen, L., Yang, L., Yao, L., Kuang, X. Y., Zuo, W. J., Li, S., ... & Zhou, X. Y. (2018). Characterization of PIK3CA and PIK3R1 somatic mutations in Chinese breast cancer patients. Nature communications, 9(1), 1357.
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