甲乙双方在做生意的过程中，乙方付了钱甲方开了专用票，如果甲方开出的专用发票，被当地税务机关认定异常扣税凭证，那么甲方所在地税务机关会将这些信息传递给乙方所在地的税务机关。
乙方所在地主管税务机关会向受票的乙方企业，制作并送达《税务事项通知书》，告知乙企业其所取得的进项发票属于异常扣税凭证。并告知乙企业可提出核查申请。如果乙企业是A级纳税人，若在10工作日内提出核查申请，则进项税额不用转出；如果乙企业是B级纳税人，则可以在20个工作日内提出核查申请，但进项税额必须转出。
乙企业在提出核查申请的同时，应提交业务合同、银行凭证、运输仓储证明等有关说明材料。
乙企业的主管税务机关在接到核查申请后，一般应自接收申请之日起90个工作日内完成异常凭证的核实。
主管税务机关核查的内容主要有以下几项：“
1、稽核比对、纳税申报情况，增值税发票抵扣联备查簿，相关纸质信息与电子数据是否相符等。
2、增值税发票信息、业务合同、运输仓储证明以及银行账单资金流的一致性等。
3、需要委托异地税务机关协助调查的，可通过抵扣凭证审查系统，委托与纳税人发生交易的上、下游企业所在地主管税务机关协助核实。
4、需要实地调查的，主管税务机关派员赴纳税人实际生产经营场所，就其经营状况、生产能力等进行调查。”
异常凭证核实后，未发现异常情形，符合现行增值税进项抵扣或出口退税有关规定的，主管税务机关出具《税务事项通知书》，允许乙企业继续申报抵扣税款。
如果乙企业涉嫌虚开发票、虚抵进项，要移交稽查部门查处。
政策法律依据：1、国家税务总局关于印发《异常增值税扣税凭证处理操作规程(试行)》的通知（税总发[2017]46号）
2、《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第38号）
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