企业股权投资收入的确认时间根据企业情况的不同而有所不同，具体可分为二种情况。
1、非关联企业的股权投资收入确认时间
按《财政部 国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税〔2014〕116号）（以下简称116号文）规定，企业以股权对外投资，应于投资协议生效并办理股权登记手续时，确认股权转让收入的实现。换句话说，收入确认的时间要同时满足两个条件，即投资协议生效与股权登记手续办理完毕，两个条件缺一不可。
2、关联企业之间股权投资收入确认时间
按《国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税有关征管问题的公告》（国税【2015】33号公告）（以下简称33号公告）规定，关联企业之间发生的股权投资行为，投资协议生效后12个月内尚未完成股权变更登记手续的，于投资协议生效时，确认股权转让收入的实现。关联企业由于其利益的相关性，在股权投资时为了推迟纳税义务发生时间，存在投资协议生效后，迟迟不做股权变更登记的情况。33号公告给116号文打了个补丁，将这一漏洞补上了。
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