纳税人一旦取得了异常扣税凭证，就会面临非常大的麻烦。
一是没有抵扣的税款暂时不能再抵扣了，已经抵扣的税款要做进项转出；
二是如果是要办理出口退税，那么尚未申报办理出口退税的，或者已经申报但还没有退税的，那么暂时就不能办理出口退税了。
对已经办理出口退税的，要根据纳税主体的不同分为二种情况：
1、适用增值税免抵退税办法的纳税人 应根据列入异常凭证范围的增值税专用发票上注明的增值税额作进项税额转出处理；
2、适用增值税免退税办法的纳税人，税务机关应按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。
三是对消费税的纳税人。消费税的纳税人取得异常扣税凭证，尚未申报抵扣消费税税款的，暂时不允许抵扣。已经抵扣的，冲减当期允许抵扣的消费税税款，不足冲减的要补交税款。
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