2016年，甲公司与乙公司签订了货物买卖合同，乙公司销售购一批货物给甲公司。甲公司验收时认为货物的质量有问题，没有付款，乙公司也没开票。官司打了两年多，2018年经法院调解，乙公司愿意做一些折让。于是甲公司付款，乙公司开具发票。但拿到发票的甲公司不知是否可以抵扣进项税款，不知是否能在当年的所得税前扣除。
首先，看看增值税的进项抵扣问题。按照规定，纳税人取得的增值税专用发票，必须在360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。如果甲公司取得的发票是在2016年开具的，则因超过360日而无法抵扣进项税额。但甲公司取得的专用发票是2018年由乙公司开具的，所以，只要没超过360日，就可以认证抵扣进项税额。
其次，看看所得税的税前扣除问题。按规定，企业以前年度应当取得而没有取得发票，当年也未税前扣除，在以后年度取得了发票，那么所得税的扣除应追补至该支出发生的年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。简单一点说，甲公司2018年取得发票，发票上列出的支出，只能追补到2016年度扣除，不能在2018年度所得税前扣除。
政策法律依据：1.《关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局2017年第11号公告）
2.《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）
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