目前对失控发票，按规定其未抵扣的税款，不能抵扣，已经抵扣的税款要做进项转出。但对进项转出的税款是否加收滞纳金，实践中很多税务人员在理解上还存在着一定的偏差。具体做法是在进项税额转出的同时加收滞纳金。这种做法对还是不对，那就要从加收滞纳金所要达成的目的上去理解了。
税款属于国家，纳税人没有按期申报缴纳税款，实际上是占用了国家的钱。天下没有白用的钱，纳税人从银行贷款都要交利息，占用了国家的钱自然也要给国家一定的补偿，这个补偿就是滞纳金。
因此加收滞纳金的前提是纳税人占用了国家税款，这个税款的经过确认的，如果没有占用国家税款，滞纳金的加收便成了无源之水无本之木。
国家税务总局《关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》(国税函〔2006〕969 号)第一条第二款规定，属于“认证时失控”和“认证后失控”的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。国家税务总局《关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号) 规定，在税务机关按非正常户登记失控增值税专用发票后，增值税一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，其主管税务机关可以通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理报税。购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
《国家税务总局关于走逃(失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）规定“增值税一般纳税人取得异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税；已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出；已经办理出口退税的，税务机关可按照异常凭证所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，无其他应退税款或应退税款小于涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。经核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣，或解除担保并继续办理出口退税。”
当然类似的规定还有，但以上规定都明确是“暂”不允许抵扣，已经抵扣的“先”先做进项转出。也就是说对失控发票的载明税款的归属是不确定的，可能是纳税人的，也可能是国家的。经核查后如果纳税人正常的业务往来符合税法的相关规定，纳税人可以继续抵扣，不符合规定的则不允许抵扣。
因此，由于失控发票进项转出税款归属的不确定性，在进项转出时就加收滞纳金的作法对纳税人是不公平的。应当在税务机关核查后再决定是否加收滞纳金更为合适。
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