一款好用的进化树可视化编辑软件

iTOL（Interactive Tree Of Life）是一个在线显示和操作的进化树工具。我们可以添加很多自定义的项目，丰富和完善自己的进化树，比如添加柱状图、蛋白结构域、heatmap、基因平行转移（horizontal gene transfer）等。今天讲一下iTOL的具体操作步骤。

网址：http://itol2.embl.de/

打开网址后，iTOL的主界面是酱紫的：

iTOL简介：

• 目前iTOL版本是3.0

• 必要工具：带有flash7以上的浏览器，建议用chrome、 firefox、 opera、 safari等，IE（强烈不建议）必须7.0以上版本

• 必须注册才能构建自己的工作目录

• 输入主文件：进化树文件（.nwk），最好带有bootstrap的文件

• 输入辅文件：有一定标准格式的其他文件（下文有示例）

iTOL菜单栏：

iTOL操作步骤：

1. 注册 /登陆

2. 新建工作区（workspace）

3. 在工作区内新建任务（project）

4. 在project中上传树文件

5. 应用工具修图

注：一个workspace可以建多个project，每个project可以上传一个目的树文件。

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1

注册 / 登陆

此处省略100字……

2

新建workspace

3

新建project

4

在project中上传树文件

5

应用修图工具

修改图的形状，字体大小和线条粗细：

添加背景颜色（Edit color）：

↓

Leaf branch -----枝颜色

Leaf label-----基因ID颜色

Range----背景颜色

注：要使多个基因呈现同一种颜色，需要再Range label中随便输入一个图上的基因ID。

添加表达量：

↓

Field delimiter-----选择辅助文件间隔方式

Data type-----选择辅助文件展示方式

辅助文件格式：

LABELS,sample_1,sample_2,sample_3 样本名

COLORS,#ff0000,#00ff00,#0000ff 颜色

AT3G04070,10,20,30

AT1G69490,50,30,10

AT2G33480,20,40,10

AT5G13180,15,10,19 表达量

AT1G52880,19,18,16

AT1G61110,10,20,20

AT1G77450,40,50,50

AT5G63790,19,30,40

AT4G27410,20,30,15

AT3G15500,18,40,30

AT1G52890,10,40,10

↓

图形保存：

Export tree（选择输出格式输出文件）

↓

添加蛋白结构域：

AT3G04070,343,RE|10|50|#ff0000|DUF2,DI|200|290|#aaff00|DUF22

基因ID,基因长度,第一个结构域图形展示类型|结构域起始位置|结构域终止位置|图形颜色|结束，第二个结构域图形展示类型|起始位置|终止位置|颜色|结束

添加热图：

LABELS,s1,s2,s3

AT3G04070,10,20,30

AT1G69490,50,30,10

AT2G33480,20,40,10

AT5G13180,15,10,19

AT1G52880,19,18,16

AT1G61110,10,20,20

AT1G77450,40,50,50

AT5G63790,19,30,40

AT4G27410,20,30,15

AT3G15500,18,40,30

AT1G52890,10,40,10

↓

添加样本聚类树：

添加热图时选择添加树文件。文件格式： ((s1,s3),s2)。

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大家可以将进化树提交给iTOL，然后按照自己想要的格式进行美化试试看。想学习更多画进化树的技巧，可以来参加基迪奥-华工暑期培训班（戳这里了解详情）呀。好哒，今天就酱紫啦~~