微生态制剂是指在微生态理论指导下采用已知的有益微生物，经培养、复壮、发酵、包埋、干燥等特殊工艺制成的用于动物的生物活菌制剂。有时将其称为益生菌、益生素等。我国微生物制剂于上世纪80年代开始应用于水产养殖，经过20多年的发展，目前已颇具规模，光合细菌、EM菌、枯草芽孢杆菌、放线菌、硝化细菌、反硝化细菌、乳酸菌等被广泛应用于水产养殖业。由于微生物制剂可通过调节养殖水体内的微生态平衡，净化水质，达到提高养殖品种健康水平及改良养殖环境的目的，而且微生物制剂具有无残留、无耐药性、无污染等副作用，它在一定程度上可部分替代或完全替代抗生素，为无公害水产品的生产创造条件。
微生物制剂对水产养殖动物的主要作用包括： 1、净化水质、降低水体中的有害物质含量。在自然界中主要依靠微生物降解氨氮、亚硝酸氮、硫化氢等物质净化水体。而高密度养殖过程中，由于使用消毒剂和抗生素而使微生物环境遭到破坏，大量残饵、粪便和生物尸体无法及时降解，造成养殖水体污染。在养殖过程中，合理使用微生物制剂，让其发挥氧化、氨化、反硝化、硫化、固氮、解磷等作用，迅速分解养殖动物的排泄物以及残饵、生物尸体等，有机物分解后的盐类为藻类生长提供了营养。单细胞藻类的光合作用，又补充提高了水体的溶解氧，起到了改良水质的作用。2、 防治水产疾病。一是通过水质净化，改善养殖环境而控制水产疾病。二是通过有益菌竞争性抑制致病菌防治水产疾病。某些微生物在代谢过程中，可以产生一种具有抑制或杀死它种微生物的抗菌素，如光合细菌可以代谢产生具有抗病毒的胰蛋白分解酵素。直接投放于养殖水域的微生态制剂所采用的菌种不要求为肠道正常菌群，但必须是自然水环境中的固有微生物，且最好是优势种群，如光合细菌、硝化细菌等。三是内服，大多数微生物含有多种促进生长的物质，如光合细菌、酵母菌含有很高的蛋白质、B族维生素等营养素。内服的微生物制剂还能刺激肠道免疫细胞生长，即增加局部免疫抗体数量，从而增强机体抗病能力。四是调节水产生物体内微生物平衡，通过微生物代谢抗菌素抑制病原的繁殖和生长，起到预防水产疾病的作用。
对于水产养殖动物而言，药物防治疾病只是暂时性的手段，而且存在水产品食用安全性等问题；生态防治才是解决问题的根本出路。因此，要加强微生物群的作用特点和优化养殖水域生态结构的研究，使养殖活动良性循环发展，才能取得更大的经济、社会和生态效益。长期合理地应用微生态制剂必定会使养殖水域形成良好的生态系统，促进养殖活动健康发展。
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