【String】看起来很高端，用起来很简单

上一期我们为大家提供了一种使用Cytoscape快速展示String蛋白数据库的互作网络图的方法。这是一个传送门：

那么就有勤学好问的小同志在下面提问了，String数据库是个什么鬼？又该怎么用？于是乎，随手召唤我们的APT大神，跟大家好好掰扯掰扯String数据库吧！

String数据库（https://string-db.org/）是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库。既包括蛋白质之间的直接物理相互作用，也包括蛋白质之间的间接功能相关性。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。

String数据库目前更新到Version 10.5，包含来源于2013个物种中的9’643’763种蛋白，1’380’838’440条互作关系。

搜索界面相当友好，简洁明了，可按多种方式进行检索。

选择示例蛋白#2作为示范进行检索，CDC15（红色节点）相互作用图就展现出来了。

看起来很高大上的样子，我们需要掌握读懂这个图谱的“武林秘籍”O(∩_∩)O

点击圆圈节点，可显示该蛋白的具体信息（下图为CDC15）。

圆圈节点之间的直线（edge）代表该直线连接的两个蛋白之间的相互作用关系。点击直线可查看详细信息（示例图为CDC15与NUD1相互作用关系详细信息）。不同颜色的直线代表不同的相互作用关系证据来源（如下图）。

如果有多个感兴趣的目标蛋白，想查看它们之间的相互作用关系，则可在搜索界面选择“Multiple proteins”，把目标蛋白的名称输入搜索框，点击“Search”。

这四个目标蛋白的相互作用关系图就会呈现如下↓，解读方法跟前面还是一样样哒！

这些数据库使用简单，却能为我们的论文、国自然基金标书的撰写增色不少。提高文章标书投中的几率的同时，还能为我们后续研究拓展思路。学会以后快快使用起来吧！