上一期我们为大家提供了一种使用Cytoscape快速展示String蛋白数据库的互作网络图的方法。这是一个传送门:
那么就有勤学好问的小同志在下面提问了,String数据库是个什么鬼?又该怎么用?于是乎,随手召唤我们的APT大神,跟大家好好掰扯掰扯String数据库吧!
String数据库(https://string-db.org/)是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库。既包括蛋白质之间的直接物理相互作用,也包括蛋白质之间的间接功能相关性。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
String数据库目前更新到Version 10.5,包含来源于2013个物种中的9’643’763种蛋白,1’380’838’440条互作关系。
搜索界面相当友好,简洁明了,可按多种方式进行检索。
选择示例蛋白#2作为示范进行检索,CDC15(红色节点)相互作用图就展现出来了。
看起来很高大上的样子,我们需要掌握读懂这个图谱的“武林秘籍”O(∩_∩)O
点击圆圈节点,可显示该蛋白的具体信息(下图为CDC15)。
圆圈节点之间的直线(edge)代表该直线连接的两个蛋白之间的相互作用关系。点击直线可查看详细信息(示例图为CDC15与NUD1相互作用关系详细信息)。不同颜色的直线代表不同的相互作用关系证据来源(如下图)。
如果有多个感兴趣的目标蛋白,想查看它们之间的相互作用关系,则可在搜索界面选择“Multiple proteins”,把目标蛋白的名称输入搜索框,点击“Search”。
这四个目标蛋白的相互作用关系图就会呈现如下↓,解读方法跟前面还是一样样哒!
这些数据库使用简单,却能为我们的论文、国自然基金标书的撰写增色不少。提高文章标书投中的几率的同时,还能为我们后续研究拓展思路。学会以后快快使用起来吧!
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