关于基因的功能富集分析,大家最熟悉的就是GO和KEGG pathway分析了,除了R语言外,我们梳理4个功能富集分析的工具:
1. DAVID:https://david.ncifcrf.gov/
相信大家都听过这个网站了,我们输入基因名,选择好物种后就可以直接用了:
选择物种:
选好物种后:
既可以单独看单个基因的结果,直接单击蓝柱子就可以:
又可以看综合的结果,单击chart就可:
结果可下载,各种图都可以自己画。
DAVID的使用怪阿姨也写过,参见文章:
2. FUNRICH:http://www.funrich.org/
这个软件我们也介绍过:
使用更是简单,因为分析的物种仅限于人,所以直接导入基因名:
然后富集分析就好了:
结果可以直接出图:
3. String:https://string-db.org/
关于String,大家知道的最多的是分析蛋白相互关系,其实string也可以做GO和Pathway分析,选择多个蛋白后,输入基因列表后选择物种human:
就出来了我们看到的最多的图:
另外,在Analysis里面就可以看到GO和pathway的分析结果了:
同样,结果可下载导出。
4.GeneAnalytics:https://ga.genecards.org/
GeneAnalytics是GeneCardsSuite的一个网站,需要注册才能使用,注册后直接选择物种,人或者小鼠,然后输入基因名字:
单击Analyze就可以了,在结果中包括了组织、细胞、疾病、信号通路、GO分析、表型和化合物:
我们可以分别打开看:
这样的工具太多了,今天就介绍这四个,当然ClueGO也可以,画出来的图是这样的:
方法参见文章:
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