如何查lncRNA序列？

小张最近与大家交流的时候发现一个现象甚是奇特：大家常常问比较类似的问题，比如前几天写过的为什么lncRNA总是干扰不掉，如何通过疾病查信号通路，如何通过信号通路和疾病查microRNA和靶基因等等，再比如今天这个怎么查lncRNA的序列？ 这些应该都是常遇到的问题，所以欢迎大家提问，小张把问题整理后单独写文章来解答。

我们以前介绍过lncRNA的命名方式（（策略篇）lncRNA命名的五种方式），我们知道lncRNA的命名方式比较多，所以lncRNA会以各种名字出现，我们也可能用到各种数据库。

我们先从最简单的开始，比如我们从文献里面看到的lncRNA名字：

第一步先看lncRNAdb数据库（http://www.lncrnadb.org/）：

点击search，选择ANRIL：

在结果里面最下面：

单击show sequence：

就可以了。

当然，有很多lncRNA在这个数据库中没有收录，所以一般我们用来查用的最多的lncRNA。

比如lncRNA AF147447就是一条相对很新的lncRNA：

我们在用lncRNAdb查的时候是没有收录的：

那我们考虑用UCSC：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks

输入AF147447后单击后面的go就出来下面的信息了：

这里我们单击红框里面的信息：

再单击红框：

在下面的信息里面我们看到 AF147447与RP11-361L15.3、ENST00000623356.1是同一条lncRNA，染色体上位于：chr16:66,944,660-66,945，我们点击红色箭头处可获取AF147447序列：

UCSC是一个很强大的数据库，我们以前介绍过（这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower）。

补充一下：我们看到使用UCSC可以查询lncRNA的形式包括：

AF147447；

RP11-361L15.3；

ENST00000623356.1等等，甚至可以直接根据染色体位置检索：

这里需要注意的是UCSC检索的基因组版本与lncRNA来源标注的基因组版本需要一致，当然，像ANRIL这种也是可以的：

这里再说明下，上次有位同学留言问一条linc0949说找不到，我们用pubmed检索了下：

发现linc0949与ENST00000500949 是一条lncRNA，然后用ENST00000500949 来检索：

点开后发现ENST00000500949 又叫OIP5-AS1，

而OIP5-AS1还是有两篇文章的：

因此，lncRNA可能以各种形式出现，你用一个名字可能检索不到，换个名字可能就行了。总之是上穷碧落下黄泉，哪里找到都可以。

That's all. Thank you!