元昭宗时期元朝的领土包括东北地区，漠北漠南地区，云南地区，以及山西部分地区和甘肃部分地区。
北元初期，除了元惠宗带回的中路军退缩漠南漠北之外，蒙古贵族依靠的力量主要有三支：元河南王扩廓帖木儿【原名王保保，其父亲是中原人，母亲是元朝末年将领察罕帖木儿的姐姐，察罕帖木儿之甥，后为舅舅察罕帖木儿收为养子。】率领十余万军队，占据山西、甘肃方面。北元丞相纳哈出拥二十余万众据守辽东。元朝梁王把匝剌瓦尔密管辖之下的云南还有十余万军队，策应北元皇帝的军事行动。此外，北元与东面的高丽、西面的畏兀儿地区仍旧保持着政治经济的联系。
洪武三年（1370年）元惠宗去世，1378年元昭宗去世，由脱古思帖木儿继位北元皇帝，就是元益宗。这位第三任北元皇帝统治后期所能控制的领土已经缩小到蒙古汗国最初兴起时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无可能了。
洪武二十一年（1388年），一支10万人的明朝军队在大将蓝玉的率领下在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败元益宗的军队，残元诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，益宗逃走后被其部将缢杀，死后谥号宁孝皇帝。通过这次战争，元朝皇帝的主力军被彻底击溃。
扩廓帖木儿在1372年的漠北战事中，在明与北元的大对决中，扩廓巧妙而坚决地击败了明朝第一大将徐达，明军损失惨重。1375年扩廓帖木儿去世后西路军衰弱。只有纳哈出东路军为北元主要势力，一直是明军的劲敌。
明王朝建立后的最初二十年内，开元路等整个东北地区尚处在北元势力控制之下。明初开元一带为故元丞相也速亥占据，统治秩序一如元朝。直到1387年，明朝大军二十万击败东北地区的元军，迫使纳哈出归附明朝。元朝势力退出辽东，开元等辽东地区在纳哈出横行二十年后，终于纳入大明版图。
明太祖朱元璋封纳哈出为海西侯，赐铁券丹书，其部下诸官皆封为指挥及千户等职，并将他们迁往南方沿海边地。
云南行省的梁王，当时是把匝剌瓦尔密在元惠宗1368年八月逃离大都后，仍旧坚守云南，而且每年遣使去漠北觐见北元皇帝，执臣节如故。因云南险僻，明太祖不欲用兵，数次派人劝降。不从。1381年，太祖命傅友德为征南将军，统帅三十万大军向云南进攻。梁王派司徒平章达里麻率兵驻曲靖。明将沐英乘雾抵白石江，傅友德率兵进击，达里麻兵败被捉，失精兵十万。他逃至普宁州忽纳砦，驱妻子赴滇池死。自与左丞达德、右丞绿尔夜入草舍自尽。
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