晋哀帝

升平五年（361年）五月，晋穆帝去世，皇太后褚蒜子下令说司马丕本来早就该登基为帝，他是皇室正统，如今没有人比他更适合当皇帝。于是司马丕登基。 五月，司马丕登基后大赦天下，同时封弟弟司马奕为琅琊王。 同年七月，将晋穆帝安葬在永平陵；九月，立妃子 王穆之为皇后。 十一月，司马丕下诏让晋穆帝、晋康帝过继给晋显宗司马衍。

隆和元年（362年）正月，前燕将领 吕护、 傅末波攻陷小垒，兵临洛阳。 正月十三日，推尊生母亲周氏为皇太妃，进升琅邪王 司马奕为侍中、骠骑大将军、开府。 四月，吕护再次侵犯洛阳。五月，司马丕派北中郎将 庾希、竟陵太守 邓遐率领水军救援洛阳。七月，吕护军退守小平津。 十二月初一日，出现日食，司马丕下诏表示要减轻严峻繁琐的赋税，周详地商议法令，全部遵循减损之要。

兴宁元年（363年）正月，改元 兴宁。同年二月，大赦天下。三月，司马丕生母皇太妃周氏去世于琅邪府，皇帝奔丧，诏令司徒、会稽王昱总管内外众务，同月将其下葬。后司马丕因为喜得一子而大赦天下。 同月，司马丕亲自下田劳动以发展农业。三月八日，因为司马丕一向喜欢长生不老之术，按照道士传授的长生法，断谷、服丹药，侍中高崧谏曰：“这不是好事情啊，陛下不应如此。”哀帝不听，结果服药后药性大发而不能听政，于是崇德太后 褚蒜子摄政。

司马丕先任命桓温扬州刺史，后又派人让其入朝为宰相，结果桓温不同意。七月，司马丕下圣旨让桓温入朝，但八月，桓温到了 赭圻后就筑城居住在那里，桓温的权势和野心暴露。