伦敦大瘟疫是一场1665-1666年间发生在英国的大规模传染病爆发，这场瘟疫导致超过10万人死亡，相当于当时伦敦五分之一的人口。
这次疫情后来被确认为是淋巴腺鼠疫，一种由鼠疫杆菌造成并以跳蚤为载体的细菌感染。与1347年至1353年期间侵袭全欧洲、并导致最少7500万人死亡的黑死病相比，伦敦这场瘟疫的规模要小得多。
△ 油画《大瘟疫1665》，Rita Greer绘，年代不详
爆发经过
伦敦大瘟疫的鼠疫病源很可能是从阿姆斯特丹开出的运送棉花的商船，阿姆斯特丹在1663年至1664年受鼠疫蹂躏，死亡民众不少于5万人。
△ 17世纪的伦敦地图，Wenceslaus Hollar绘
伦敦外围的码头地区以及圣贾尔斯（St. Giles）教区首先遭殃，在这两处地方生活的穷困工人成为了鼠疫肆虐的第一批牺牲者，由于社会最低下阶层的患者都没有被关注和记录，因此伦敦大瘟疫的首宗正式个案是在1665年4月12日确诊的女子丽蓓嘉·安德鲁斯（Rebecca Andrews）。
△ 两个女人死在伦敦街头
同年7月，疫病进入伦敦内城区，时任英王查理二世带同家人和宫廷逃到牛津郡避难。而伦敦城市府参事（地位仅次于市长）和其他主要当局官员都选择了谨守岗位，伦敦市长罗伦斯先生（John Lawrence）也决定继续留守在城中。
当时伦敦城面上的绝大多数商业活动陷入瘫痪状态，因为富商和各行各业的职人都已经纷纷逃离；有少数牧师、医生和药剂师愿意留下来，在疫症肆虐的整个夏天里协助其他民众生活。
△ 木版画《两个男人发现一个去世的女人》，J. Jellicoe & H. Railton，约1665年
决意留下来与城市共患难的民众里面还包括了作家塞缪尔·佩皮斯（Samuel Pepys）以及住在东伦敦的马鞍匠亨利·科尔（Henry Foe）。佩皮斯在他的日记簿里面记下大瘟疫时期伦敦生活的点点滴滴；而科尔的外甥则是《鲁宾逊漂流记》作者丹尼尔·狄福（Daniel Defoe），他在1722年推出的纪实小说《大疫年日记（A Journal of the Plague Year）》便很可能源自当时亲历其境的科尔舅父的手稿。
△ 刻有瘟疫场景的雕花银杯，1675年
查理二世赠送给Samuel Pepys留在伦敦服役的人
抗疫政策
在瘟疫高峰之时，瘟疫医师每天穿街过巷为病者诊断，尽管他们中许多都没有西医公会的执业资格。另外，多项关于公众健康的措施都被英国政府陆续尝试过，其中有些对日后公共医疗机构的成立颇有建树，但有些却只是盲目之举，印证了当时的瘟疫情况其实已经到了刻不容缓、等不了仔细分析利弊的危急存亡之际。
首先，市政府开始聘用公立医生为大众服务，官方亦有组织地处理尸体埋葬以防止疫症扩散，然而恐慌情绪仍然在整座城市的民间挥之不去，由于市民害怕直接接触而受感染，遗体往往只会被草率地丢在马路旁边挤满死尸的大坑仓促了事。
△ 大瘟疫期间伦敦的运尸车，G. Cruikshank绘，年代不详
门上写有“Lord have mercy”
其次，市议会严格下令扑杀所有猫、狗（其时仍未认清病源），这个愚蠢的决定后来被证实是徒劳无功，因为真正的罪魁祸首——老鼠的数量反而因为天敌猫、狗不在而变得更加不受控。
第三，当局发出指示要日以继夜地在城区内燃烧大火，企图借此令空气变得洁净。
第四，官方同时在街头焚烧各种具有强烈气味的物质，如辣椒、啤酒花和乳香，并且强烈敦促市民吸食烟草以吐出烟雾，希望凭这些物质抵御细菌在市内散播。
△ 1665年，Solomon Eccles将火盆放在头上行走在伦敦街道
疫情发展
当局的有关政策收效并不明显，根据记录指出伦敦的死亡人数仍旧在不断攀升，从每星期1000名死者上升到每星期2000人死亡。到了1665年9月以后，每周更有7000人死于疫病。情况一直至到冬季降临才有转变，死亡人数开始逐步减少。
△ 伦敦大瘟疫场景
翌年2月，国王查理二世认为首都的疫情已经受到控制，于是便与一众随行返回伦敦。不过，由于英国在瘟疫期间并没有放弃外贸，中断与欧洲大陆的商务来往，使法国在接下来的冬天遭殃，爆发了鼠疫。
△ 伦敦大瘟疫场景
虽说疫情主要集中在伦敦城，但也渐渐影响到英国的其他区域，最有名的例子包括小镇艾亚姆。有争论指，瘟疫是在1665年8月跟着来自伦敦的衣料商人抵达当地的。村民们当机立断，随即自行实施隔离，断绝所有对外的运输往来和接触，以阻止这种疾病进一步蔓延，由于这做法收效良好，最终鼠疫的传播迹象在亚姆的周边地区开始减缓，没有再进一步向北侵袭。可惜的是亚姆却付出了惨痛的代价，村内75％左右的居民死于该场瘟疫之中。
△ 受伦敦大瘟疫波及的“瘟疫小镇”艾亚姆
伦敦区的鼠疫个案也没完全停下来，而是继续零星地出现。直至1666年9月2日的伦敦大火摧毁了伦敦城中心的大部分地方，持续了4日4夜的漫天大火连伦敦地标圣保罗大教堂也烧掉，大约在同一时间，鼠疫疫情彻底消失。
△ 伦敦大瘟疫场景
有说鼠疫之所以在火灾过后并无复发，是因为伦敦大火把无数卫生恶劣的房屋连同疫病源头——老鼠和跳蚤都一并付之一炬；然而历史学家们对上述观点并不赞同，例如著名医学历史学家罗伊·波特（Roy Porter）认为这只是一个偶发的巧合。他指出原本正在持续的零星个案都集中发生在伦敦的郊部地区，与之后受火灾影响的伦敦城市中心在位置上并不吻合，而好些最肮脏的贫民窟也没有因为大火而毁掉，由此可见鼠疫的灭绝与大火并没有直接明显的关系，而疫情在火灾发生前已经有绝迹的趋势。
△ 1666年在伦敦出版的《鼠疫解剖手册》
除此之外流行病学的研究亦提出了进一步的见解，据流行病学的观察法审视，当年的鼠疫是于同一时间在几乎整个欧洲的所有城市之间消失，并不因为个别的火灾而产生差异。
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