最简单最实用的R语言热图绘制教程

作者：生信札记

来源：简书

准备数据，最简单粗暴的方式，从Excel中复制，

此时，这个基因表达矩阵已经存放在电脑的剪切板中，回到R语言运行环境，输入（如果是直接复制下面这行代码，那么注意，复制代码的同时已经替换了剪贴板内容，此时黏贴代码之后不要回车，先回去Excel重新复制表达开矩阵）

Exp<-read.delim("clipboard",header=T,row.names=1)

注意，所有字符都是外文的，如果出错，注意是不是 横杆 在复制代码的时候被转码成 中文的，自己输入就没问题。

此时你只需要第三行代码，就可以输出一张可以看的热图

pheatmap(Exp)

一般情况下，我们需要相对基因进行标准化

pheatmap(Exp,scale="row")

列的顺序是时间序列，我们不应该对列进行聚类

pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F)

配色似乎也不好看，

pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F,color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50))

差不多了，剩下的就看自己造化了

差点忘了保存图片

即可保存为各种格式的图片

写到这里

用了一个多小时写了这个，相信应该可以让零基础的朋友用R语言出一张能看的热图。pheatmap的功能还是可以的，出几个不错的热图，有很多细节可以调整。操作的灵活，修改的便捷，可能才是用代码绘图的方便之处。用R语言绘图，那么基础就是掌握R语言。如此才能更好的R，出更好看的图。
学习R语言，还是需要时间的。具体或许后面再写写R学习的个人经验。
当然，假期已经结束了，今天就回校干课题了。如果后面可以抽出时间，那么R语言绘制热图的，或许至少再出一个 pheatmap 更多的使用细节。毕竟，做一张拿得出手的热图，还是需要更多的操作。

最后附上使用的代码

library(pheatmap)# 注意，剪切板中必须是表达矩阵Exp<-read.delim(file="clipboard",header=T,row.names=1,sep="\t")pheatmap(Exp)pheatmap(Exp,scale="row")pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F)pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F,color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50)