一、转让方为个人的按财产转让所得20%税率缴纳个人所得税和万分之五的印花税
（一）个人所得税
个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额，按照财产转让所得20%税率缴纳所得税。
举例来说，
1. 应纳税所得额=个人获得股权时的价格-个人转让股权时的价格-合理费用（股权转让时按照规定支付的有关税费）
2. 所得税=应纳税所得额*20%
又根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号），个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票，转让限售股，以及其他有特别规定的股权转让，不适用上述税率。
（二）印花税
个人股权转让按“产权转移书据”中的“股权转让书据（不包括应缴纳证券交易印花税的）”缴纳印花税，税率为价款的万分之五。
二、转让方为居民企业的按25%税率缴纳企业所得税和万分之五的印花税
在《企业所得税法》中，居民企业是指“依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。”而居民企业转让持有的股权时，也缴纳两种税，一种是企业所得税，另一种是印花税。
（一）企业所得税
居民企业所得税的税率为25%（非居民企业为20%，依据《企业所得税法》享受税收优惠政策的类型企业税率按其规定），
1.企业应纳税所得额=企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额
2.企业所得税应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－减免税额－抵免税额
公式中的减免税额和抵免税额，是指依照企业所得税法和国务院的税收优惠规定减征、免征和抵免的应纳税额。
（二）印花税
企业股权转让按“产权转移书据”中的“股权转让书据（不包括应缴纳证券交易印花税的）”缴纳印花税，税率为价款的万分之五。
（三）需要说明的是，转让非上市公司股权不属于《增值税暂行条例》的征收范围，因此不涉及增值税的问题。
此外，根据《国家税务总局关于实施创业投资企业所得税优惠问题的通知》，符合条件的创投企业存在税收优惠政策。
三、转让方为合伙企业的依据合伙人性质缴纳个人所得税或企业所得税
合伙企业转让股权，缴税的主体穿透至合伙企业的合伙人一层，合伙企业本身不缴税，也不适用《企业所得税法》的规定。其纳税依据是《财税关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)。
也就是说，合伙企业的每一个合伙人都是纳税义务人，合伙人是自然人的，缴纳个人所得税，合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
另外，财税〔2008〕159号还规定合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”原则，即先确定每一个合伙人的分配比例后确定他们每个人应纳税所得额。
但合伙企业转让股权的争议点在于，合伙企业的自然人合伙人缴纳个人所得税，是按照财产转让所得20%的税率缴纳，还是按照经营所得五级超额累进的税率缴纳，网上各方说法不一，实践不一，还都不怎么列出依据。
（一）合伙人为个人时，按经营所得五级超额累进5%-35%的税率缴纳个人所得税
个人所得税税率表二（经营所得适用）
级数 | 全年应纳税所得额 | 税率（％） |
1 | 不超过30000元的 | 5 |
2 | 超过30000元至90000元的部分 | 10 |
3 | 超过90000元至300000元的部分 | 20 |
4 | 超过300000元至500000元的部分 | 30 |
5 | 超过500000元的部分 | 35 |
经过研究，我认为按经营所得五级超额累进缴纳个人所得税是符合法律规定的，实践中出现的，地方税务部门按财产转让所得20%税率纳税，更多是基于地方招商引资需要而做出的违背上位法规定的行为。
首先，《个人所得税法实施条例》第六条将“合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的……合伙企业生产、经营的所得”规定为个人经营所得的一种。其独立于利息、股息、红利所得和财产转让所得的分类。《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发[2011]50号）第二条第(三)款第2项也规定，“对个人独资企业和合伙企业从事股权(票)、……交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。”
其次，《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）第四条规定，“个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以下损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％－35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。”
再次，《国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作的指导意见》（税总稽便函[2018]88号）第一条（一）也持同样观点，其认为地方政府为发展经济，自行规定投资类合伙企业的自然人合伙人，按照 “利息、股息、红利所得 ”或 “财产转让所得 ”项目征收个人所得税，税率适用20%违背了上位法规定，应予以纠正。
综合以上原因，合伙企业转让所持的股权，合伙企业的自然人合伙人应当要按经营所得五级超额累进5%-35%的税率缴纳个人所得税。当然，这个问题地方税务局是存在不同做法的，在我搜到的一篇文章中，作者罗列了诸多地方税务部门对这一问题的不同做法，如果感兴趣的也可以去看一看。[1]
在我查询的一些文章中还有另外一种说法，就是合伙企业的执行事务合伙人和有限合伙人适用的税率存在不同，起初我并未找到依据。然后，我发现这也是地方政府的地方做法，如《深圳市人民政府印发关于促进股权投资基金业发展的若干规定的通知》第三条第（二）款就规定，合伙制股权投资基金和股权投资基金管理企业，执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照“个体工商户的生产经营所得”项目，适用5%-35%的五级超额累进税率计征个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照“利息、股息、红利所得”项目，按20%的比例税率计征个人所得税。
（二）合伙人为企业时，缴纳企业所得税，创业投资企业存在优惠
合伙企业转让股权，合伙企业合伙人为企业的，企业缴纳企业所得税和印花税。但这里存在一个优惠政策。
即《国家税务总局关于有限合伙制创业投资企业法人合伙人企业所得税有关问题的公告》，当转让股权的合伙企业符合《中华人民共和国合伙企业法》、《创业投资企业管理暂行办法》和《外商投资创业投资企业管理规定》，属于有限合伙制创业投资企业的，如它的企业合伙人投资满2年，可以用投资额的70%抵扣应纳税所得额。
最后做个简单总结。
1.个人转让股权的，按财产转让20%税率缴纳个人所得税，和协议价款万分之5的印花税。
2.一般居民企业转让股权的，按25%税率缴纳企业所得税和协议价款万分之5的印花税。
3.合伙企业转让股权的，穿透至个人合伙人、企业合伙人层面缴税，但合伙企业的个人合伙人应按照经营所得五级超额累进5%-35%的税率缴税。
4.符合条件的创业投资企业存在税收优惠政策。
[1]财税法：《合伙企业转让股权个人所得税是按照生产经营所得还是财产转让所得》
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