某房地产企业2011年取得一块土地使用权用于开发房地产，后因各种原因，一方面延迟缴纳土地出让金，另一方面工程一直未能开工，直到2016年才重新动工开发，而被国家相关部分因闲置土地逾期开发征收缴纳土地闲置费4000万元及征收土地延迟缴纳滞纳金100万元。那么该土地闲置费及土地滞纳金在项目土地增值税、企业所得税清算时，能否扣除？
土地增值税
（1）根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第四条的规定，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得税前扣除。因此该房地产企业缴纳的土地闲置费4000万元不得在土地增值税前扣除。
（2）此外，根据厦门市地方税务局关于修订《厦门市土地增值税清算管理办法》的公告（厦门市地方税务局公告2016年第7号）第三十四条的规定，纳税人因逾期支付土地出让金等原因支付的罚款、滞纳金、利息和因逾期开发支付的土地闲置费等款项，不予扣除。对纳税人逾期开发补缴的土地出让金，允许计入为取得土地使用权所支付的款项，准予扣除，但纳税人缴纳的土地闲置费、滞纳金和罚款不得扣除。
因此，该房地产企业缴纳的土地闲置费、滞纳金不得在土地增值税前扣除。
企业所得税
（1）《根据房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发（2009）31号）第二十七条第一款的规定，开发产品计税成本支出的内容如下：(一)土地征用费及拆迁补偿费。指为取得土地开发使用权(或开发权)而发生的各项费用，主要包括土地买价或出让金、大市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交的地价及相关税费、拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等。因此，该单位支付的土地闲置费4000万元可做为开发产品计税成本，在企业所得税前扣除。
（2）根据《中华人民共和国企业所得税法》第十条 在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：
（一）向投资者支付的股息、红利等权益性投资收益款项；
（二）企业所得税税款；
（三）税收滞纳金；
（四）罚金、罚款和被没收财物的损失；
（五）本法第九条规定以外的捐赠支出；
（六）赞助支出；
（七）未经核定的准备金支出；
（八）与取得收入无关的其他支出。
根据现行税法规定，滞纳金只有税收滞纳金不允许在企业所得税税前扣除；企业按照经济合同规定支付的违约金（滞纳金）、可以在企业所得税税前扣除。因此，该单位支付的土地滞纳金100万元可以在企业所得税前扣除。
（3）根据根据房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发（2009）31号）第二十七条第一款的规定，土地滞纳金不含在开发成本的计税范围之内，故不能在开发成本中扣除，应在营业外支出中做扣除。
因此，该房地产企业缴纳的土地闲置费、滞纳金可以在企业所得税前扣除。
源自：厦门国税微宣传
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