在税务检查中，查出少缴税款实属常见。这种时候，如果企业存在留抵进项税额，可以抵顶应纳增值税额；而若有其他多缴税款，也可将应退税额与应缴税额进行抵顶。
一、留抵进项税额抵顶应补增值税额
也就是说，如果税务检查查出少缴增值税，增值税一般纳税人可以使用增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税。
对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。
例如：甲公司经税务检查，发现将全部收款价税合计确认收入，少计提销项税额6万元。
借：银行存款 106万
贷：主营业务收入 106万
补提增值税
借：以前年度损益调整 6万
贷：应交税费——未交增值税6万
假如这时候有进项留抵10万元，挂于“应交税费——应交增值税（进项税额）”借方余额。那将其中6万元结转“应交税费——未交增值税”即可。
借：应交税费——未交增值税6万
贷：应交税费——应交增值税（进项税额）6万
那这样“应交税费——应交增值税（进项税额）”只有4万借方余额，继续往下留抵；而“应交税费——未交增值税”余额就为零。这笔留抵税额抵交欠税业务就处理完了。
反之，如果这时候有进项留抵2万元，挂于“应交税费——应交增值税（进项税额）”借方余额，则抵顶完这2万元留抵进项税额之后，仍须补税4万元，另须缴纳滞纳金、罚款合计3万元。
借：应交税费——未交增值税6万
营业外支出 3万
贷：应交税费——应交增值税（进项税额）2万
银行存款 7万
这样，就没有留抵进项税额了。
二、应退税额抵顶应补税额
当纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款。
接上例：甲公司原有多缴应退增值税3万元（挂于“应交税费——未交增值税”借方余额），进项留抵2万元挂于“应交税费——应交增值税（进项税额）”借方余额。税务检查查处应补增值税6万元，转入“应交税费——未交增值税”贷方发生额；此时“应交税费——未交增值税”贷方余额3万元。抵顶后需要缴纳补税1万元，另须缴纳滞纳金、罚款0.5万元。
借：应交税费——未交增值税3万
营业外支出 0.5万
贷：应交税费——应交增值税（进项税额）2万
银行存款 1.5万
这样，留抵进项税额、多缴税额全部抵减完毕，“应交税费——应交增值税（进项税额）”和“应交税费——未交增值税”借方余额全部清零。
当然，上述政策只是规定可以用应退税款和利息抵扣欠缴税款，但没有明确滞纳金和罚款的相应处理；实际工作中遇到这种问题，需要向主管税务机关沟通一下相关政策。
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