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有了这个数据库,我反手就是一批课题!

对大家来说,科研最难的是什么?不是Oncotarget被剔出SCI,因为除了OT我们还有其它的“水刊”可以灌;也不是Pubmed不再更新,因为美国政府不可能一直停摆,十几天的文献不更新对大家的影响并不会多大,再说了,我们还可以通过其它数据库或者杂志官网查看最新进展。做科研作难的是什么?没有Idea!但是,有了这个数据库就不一样了!


数据库叫 LncMAP:http://www.bio-bigdata.com/LncMAP/index.jsp

这个数据库全称叫:LncRNA Modulator Atlas in Pan-cancer,我们看到有几个关键词:lncRNA,肿瘤,其实还有一个关键词:转录因子(TF)。也就是说如果我们要研究lncRNA或者转录因子在肿瘤里面的作用而没有思路的时候,就可以用这个数据库了。


我们看一下界面:

功能主要有lncRNA-转录因子(TF)-靶基因、药物-lncRNA、生存分析和转录因子(TF)-靶基因四部分。数据可以搜索,也可以下载,比如我想设计一个课题:lncRNA ABC通过转录因子TF1调控靶基因ABC参与肺腺癌发生发展过程。那我就可以直接把肺腺癌的数据下载下来:

单击主界面的Download:

找到肺腺癌(红框)右侧的磁盘,单击后保存打开:

其中B这一列就是lncRNA的名字,D是转录因子的名字,F是靶基因的名字,我做个筛选,挑选几个跟EMT有关的两个靶基因:ZEB1和SNAI1,

这样我就找到了7项,其中ZEB1的5项,Snai1有2项,组合成基金的题目就是这样了:

  1. lncRNA RP11-217B7.2通过转录因子EBF1调控SNAI1在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  2. lncRNA AC011513.4通过DDX17-SNAI1信号通路影响肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  3. lncRNA RP11-344E13.3通过E2F6转录调控ZEB1在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  4. lncRNA FZD10-AS1通过SPI1转录因子调控ZEB1在肺腺癌细胞上皮间质细胞转分化中的研究

  5. 肺腺癌细胞上皮间质细胞转分化新通路:lncRNA RP11-820L6.1/TCF12/ZEB1

  6. lncRNA RP11-166D19.1在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  7. lncRNA CTB-41I6.1/E2F6/ZEB1信号轴在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

是不是高大上,有种中标基金的题目感觉?当然从表格里面我们还可以看到这样的调控模式不仅在肺腺癌里面存在:

比如第一个就在包括LGG,GBM,KICH,KIRC,KIRP,BLCA,PRAD,LUAD,LUSC,STAD,LIHC,OV,BRCA,SKCM,HNSC和THCA的16个癌种里存在,所以也可以在其它肿瘤里面做验证。


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