目前BRAF融合基因检测的方法主要包括荧光原位杂交(FISH)、rt-PCR、下一代测序等。由于KIAA1549-BRAF有多种外显子(也有内含子)融合方式,rt-PCR需要设计多对引物扩增、测序,实施起来相对复杂;而尽管NGS可检测到具体融合方式,但检测时间相对较长、费用相对较高,因此目前病理诊断时仍是优先采用相对便捷、费用较低的FISH检测方法。
融合基因的FISH检测一般采用双色融合探针和断裂探针进行检测,根据选择不同探针,具体判读方式如下:
但是KIAA1549-BRAF融合方式常为串联重复(tander duplication),因此FISH检测时融合/分离阳性信号也与其他常见的基因融合方式不同。
1. KIAA1549/BRAF融合探针:两红两绿信号为阴性,两红两绿及一黄(其中黄色信号多在一红一绿信号点中间)KIAA1549-BRAF融合阳性信号。
2. BRAF断裂探针:两黄信号为阴性,两黄一绿或一黄一红一绿为BRAF分离阳性信号。
有些BRAF融合阳性病例(BRAF断裂探针检测)中可出现绿色信号与黄色信号距离非常近,有时会被忽略掉,这种情况判读时要更加谨慎。
此外少量病例(BRAF断裂探针检测)还可以常规的分离信号(一黄一红一绿);有时也出现BRAF基因扩增,出现多个红色/绿色信号。
为进一步验证,我们对BRAF阳性信号(BRAF断裂探针中两黄一绿信号)病例进行NGS检测对比。
还有研究提示存在BRAF扩增提示预后复发风险增加,但具体意义尚需进一步验证。
因此BRAF融合基因检测对于临床病理诊断、鉴别诊断、预后评估等均起着重要作用,检测方法和结果判读至关重要,尤其要重视对于BRAF断裂探针的FISH检测结果的判读,对于小的单独红或绿信号点出现、多拷贝时多个绿点/无法判读时,有必要再用其他方法进一步验证。
主要参考文献:
1. David T W Jones, Sylvia Kocialkowski, et al. Cancer research 2008 Nov 01;68(21):8673-7 doi:10.1158/0008-5472.CAN-08-2097.
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3. Timothy A Gregory, Lyndon B Chumbley, et al. CNS oncology 2021 Mar 01;10(1):CNS68 doi:10.2217/cns-2020-0027.
4. V Peter Collins, David T W Jones, et al. Acta neuropathologica 2015 Jun;129(6):775-88 doi:10.1007/s00401-015-1410-7.
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