Circos
是绘制圈图的神器,在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。
Circos可以在线使用,在线使用时是把表格转为圈图,不过只允许最大75行和75列;做一些简单的示意图会比较好,最后时会介绍下在线的tableviewer
的使用。
也可以安装在本地,在本地可以绘制基于基因组的更复杂的图。
Circos由Perl写成,安装相对简单,只要Perl的包都装好了就可以了。
从http://circos.ca/software/download/circos/下载Circos安装包,并解压,把安装包内的bin目录加载到环境变量。
tar xvzf circos-0.69.tgzln -s `pwd`/circos-0.69/bin ~/bin #make sure ~/bin is in $PATHorexport PATH=$PATH:`pwd`/circos-0.69/bin
安装依赖的Perl包
获得依赖的Perl包,circos -module
配置CPANM
wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::libeval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.bash_profileecho 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.bash_profile
Install needed modules by typing cpanm YAML Clone Config::General Font::TTF::Font GD GD::Polyline List::MoreUtils Math::Bezier Math::Round Math::VecStat Params::Validate Readonly Regexp::Common SVG Set::IntSpan Statistics::Basic Text::Format
in terminal
.
Install libgd
from http://libgd.bitbucket.org if GD
can not be installed. Make sure gdlib-config
is $PATH.
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