很多科技企业早期处于研发阶段，获得政府大量的补贴支持（比如领军人才补贴等），同时市场尚未打开，高新技术产品（服务）收入订单很少，为了满足高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%的要求，不少企业选择将收到的政府财政补贴申报为不征税收入，实务中财务和税务处理都存在不少问题。
按照《高新技术企业认定管理办法》规定：近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%。总收入是指收入总额减去不征税收入。收入总额与不征税收入按照《中华人民共和国企业所得税法》（以下称《企业所得税法》）及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下称《实施条例》）的规定计算。
不征税收入的条件：
《财政部国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税〔2011〕70号）(2011年1月1日起执行)：企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：
（一）企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件（红头文件）；
（二）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；
（三）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算（专款专用的最常见的方式是开银行专户，目前苏州园区是统一执行的）。
根据实施条例第二十八条的规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额；计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。
实务中关注点有：
1、必须是政府部门拨付的资金，事业单位性质（比如各类产业研究院）的机构拨付的资金不满足不征税要求；
2、政府部门要求县级以上，县级以下的（比如街道）政府财政资金不满足不征税要求；
3、资金必须专项用途，无用途限制的政府财政资金（比如研发后补助）不满足不征税要求；
4、对该资金以及以该资金发生的支出必须单独进行核算，意味着没有进行专帐核算的企业不符合不征税要求。
不征税收入的申报：
按照《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第二十六条的规定，除国务院和国务院财政、税务主管部门明确规定的不征收企业所得税的，原则上均应在取得时计入当期收入总额计征企业所得税。
企业满足（财税〔2011〕70号）的规定，申请不征税收入企业所得税汇算清缴时要填报：
1、A107041表第9行“不征税收入”；
2、 《纳税调整项目明细表》（A105000）第8行“不征税收入”和第24行“不征税收入用于支出所形成的费用”；
3、《专项用途财政性资金纳税调整明细表》（A105040）等相关栏次。
A105040表适用于发生符合不征税收入条件的专项用途财政性资金纳税调整项目的纳税人填报。本表对不征税收入用于费用化的支出进行调整，资本化支出通过《资产折旧、摊销及纳税调整明细表》（A105080）进行纳税调整。
另外需要强调：
1）A105040表不征税收入用于费用化支出当中的研发类支出与当年加计扣除的特殊收入抵减是存在一定关联关系的。实务中很多企业存在不征税收入用于研发支出加计扣除却并未进行任何抵减的现象值得引起关注。
2）A105040表中第4列符合不征税收入条件的财政性资金其中计入当年损益的金额与A107041表第9行“不征税收入”的金额存在关联逻辑。
4、《资产折旧、摊销及纳税调整明细表》（A105080）
对于不征税收入形成的资产，其折旧、摊销额不得税前扣除。第4列至第8列税收金额不包含不征税收入所形成资产的折旧、摊销额。
不征税收入的影响：
按照收入成本配比原则，不征税收入对应的支出不能企业所得税前列支，更不能进行加计扣除；目前制造业可以享受100%加计的优惠政策，相关企业损失的税收利益重大。实务中符合不征税收入的财政补贴基本为跨年项目，目前中国企业所得税采用的是一年一结的汇算清缴制度，财政资金到账与后期项目研发支出存在跨年非常常见，即便项目总体亏损，在项目的前期因为大额财政拨款的集中到位也可能要么需要缴纳高额的税金，要么放弃加计扣除的优惠政策。如果企业存在大额的研发设备，目前500万以下设备税法允许一次性进成本费用，如果能筹划到位，这类税务成本费用是可以与财政资金的征税收入互抵，可以消除项目早期因为大额财政拨款导致的高额企业所得税。
不征税收入的账务处理：
采用《会计制度》的企业入账的“专项应付款”，采用《企业会计准则》的企业入账的“递延收益”。一般按照项目进度或者在项目完成时转入损益表科目。
注意：财务处理不会影响税务结果。如果企业在税务上未做不征税收入申报，即使财务将政府财政补贴入账在专项应付款或者递延收益报表项下，仍然属于征税收入，在高新申报时，也仍应计入“收入总额”。
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