《黄帝内经》之名最早见于《汉书·艺文志·方技略》，为"医经"典籍之一。后世依据晋代皇甫谧《针灸甲乙经序》中“按《七略》艺文志，《黄帝内经》十八卷。今有《针经》九卷，《素问》九卷，二九十八卷，即《内经》也。”之言，认定 《素问》与《灵枢》为《黄帝内经》，至今言《黄帝内经》皆指《素问》与《灵枢》。
而东汉张仲景《伤寒杂病论·自序》中说:"撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪》、《药录》。" 在张仲景眼里，《素问》、《九卷》（《灵枢》）并不是《黄帝内经》；否则，张仲景会直言《黄帝内经》，没必要分述为《素问》、《九卷》。故白水认为《素问》与《灵枢》并非《汉书·艺文志·方技略》中的《黄帝内经》，大概为汉代中医学者阐发古代医经（包含《汉书·艺文志·方技略》中的《黄帝内经》等）所作，《素问》与《灵枢》各出自一人之手，为收集整理多人的观点所成，与《八十一难》形成三足争鸣之势。但我们已经习惯将《素问》与《灵枢》合称为《黄帝内经》，那么，《素问》与《灵枢》理所当然就是中医人眼中的《黄帝内经》，是中国人眼中的《黄帝内经》。至于是不是《汉书·艺文志·方技略》中的《黄帝内经》，就不是很重要了。无论是哪种情况，《黄帝内经》为汉代时期的医学典籍是没多大疑义的，成书距今约2000年左右。
《黄帝内经》以阴阳五行学说为线，初步完成了中医基础理论的成型工作，一直到当今还影响着中医的发展，在古代是促进了中医的发展，在现代是严重阻碍了中医的发展。在2000年前，《黄帝内经》站在当时医学的巅峰与前沿；2000年过去了，自然科学突飞猛进，发生了翻天覆地的变化，西方医学借自然学科迅猛发展之力，也脱胎换骨，综合实力远远超越了东方医学。可悲的是《黄帝内经》的医学理论在当今中医高校教材里仍然占据主导地位，这是古代中医人的骄傲，却是当代中医人的悲哀！
《黄帝内经》中，无论是哲学指导思想阴阳五行理论，还是藏象理论、望诊、脉诊等等所有中医基础理论，都是精华与糟粕并存，精华十不足一，糟粕十过八九，而且精华与糟粕交织，让后学者很难分辨。加上一些中医大伽对《黄帝内经》推崇备至，导致一些人把《黄帝内经》当成了《圣经》一样顶礼膜拜。
当代人读《黄帝内经》，要了解一些古代自然科学与人文科学知识，以便读懂其中的精华；同时，要了解一些现代自然科学与医学知识，以便发现其中的糟粕，要睁大眼睛读《黄帝内经》，不要喝尽了《黄帝内经》满盆的洗澡水。
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