转录因子(TF)研究思路，这些模式你晓得吧？（下）

在上一期转录因子(TF)研究思路，这些模式你晓得吧？（上）一文中，我们分别从两个角度（一、转录因子调控下游靶基因和信号通路 和二、转录因子被激酶磷酸化（泛素化）修饰）介绍了转录因子这类编码基因的研究模式：

今天我们结合两篇文章来说一个方向：转录因子调控circRNA表达的套路和工具。

今天讲的内容涉及到两篇文章。第一篇文章是讲转录因子调控circRNA表达的套路的案例文章，第二篇文章是讲如何预测调控circRNA表达转录因子的工具。

我们先看案例文章。今年8月1号南开大学的杨诚教授团队发表在Cancer Research杂志上的文章：Twist1 regulates Vimentin through Cul2 circular RNA to promote EMT in hepatocellular carcinoma.Cancer Res. 2018 Aug 1;78(15):4150-4162. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-3009. Epub 2018 May 29.

这篇文章的研究的是：在肝癌上皮间质转分化（epithelial-mesenchymal transition，EMT）过程中，（1）转录因子Twist1转录促进Cul2 pre-mRNA表达，并特异性上调环状RNA（circRNA-10720）而非mRNA表达；（2）circRNA-10720通过吸附靶向Vimentin的miRNA（miR-1246、miR-578和miR-490-5p等）上调Vimentin表达:

从机制上说，如果我们以circ-Cul2（circRNA-10720）为参考，那么Twist1就是上游调控分子；而如果以Twist1为参考，circ-Cul2（circRNA-10720）就是下游分子，也就是我们说的靶基因，这个时候就可以参考转录因子(TF)研究思路，这些模式你晓得吧？（上）一文中的第一个研究模式了：

只不过在上面的模式中，研究主角是转录因子，在这篇文章中研究主角是circRNA。接下来我们就把这篇文章的内容简答进行总结展示：

从上面的内容我们可以看到研究围绕Twist/circ-10720和circ-10720/Vimentin这两个关系分别从临床、细胞和动物三个水平展开。

第一篇文章的内容就介绍到这里，有意思的是，如果我们结合基金来看，会发现有两个有意思的基金：

研究的也是circRNA与Twist之间的调控。

另外，从circ-10720研究的机制来说，circ-10720吸附miRNA调控Vimentin的机制是最常见的circRNA的下游机制ceRNA，我们已经介绍过很多了。

下面我们通过一个数据库来看circRNA的上游机制——预测转录因子，对应到前面这篇文章就是预测circ-10720的上游转录因子Twist。

这个数据库叫TRCirc：a resource for tranional regulation information of circRNAs.Brief. Bioinformatics 2018 Sep 03，可以提供调控circRNA表达的转录信息查询：

方法是在左侧的搜索界面输入要研究的circRNA：

需要注意的是TRCirc收录的circRNA名字格式跟文章中circ-10720的是不一样的，比如hsa_circ_0000234的别名是hsa_circ_000522：

下面我们以TRCirc自带的案例来说明TRCirc的用法（circRNA分子不同命名的问题我们下次单独讨论）。

输入circRNA编号后单击search：

我们看到红框里面是TF转录因子的信息，当然除了转录因子外还有其它的转录调控信息，我们看单击第一个数字16：

就可以看到转录因子的信息了：

还可以单击hsa_circ_0000007看到别名、基因等信息：

好了，今天内容就到这里。

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