最近长链非编码RNA(lncRNA)很火热,好不容易找到了一个心仪的lncRNA(关于怎么找,我们之前也聊过:自己做测序、芯片;从别人的数据里挖据;或移植研究从其他疾病里扯一个过来验证),那么问题来了:分子有了,机制部分我该往哪个方向扯呢?很多人可能都会仔细寻找下游靶分子,以证明该lncRNA参与了xx调控,具有某个功能,表明该lncRNA分子在疾病发生发展过程中起到了很重要的作用。其实,我们还可以往上游做,以丰富机制研究的深度。今天我们就聊一聊,预测一下参与调控lncRNA表达转录因子的方法。
今天我们通过2个方式进行预测:
方法1、需要用到UCSC、PROMO数据库
首先,我们需要找到lncRNA的启动子序列。
打开UCSC数据库:
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