2020年5月11日,来自中山大学肿瘤防治中心林东昕院士课题组的郑健博士,与中肿生信分析人员左志向博士合作,在生物信息的顶级期刊Briefings in Bioinformatics(IF=9.101)发表了迄今为止第一个最为全面的三类m6A甲基化酶(即writers、erasers和readers)对应靶基因的数据库——m6A2Target。
当然今天我们要介绍不是上面的这篇论文,而是这篇论文引申出的这个名为M6A2Target的数据库。有多实用呢?在你不需要花费大量的时间金钱与精力的情况下,利用该数据库,可以以前搜集的测序结果。尤其是m6A三类酶如METTL3、WTAP、FTO、IGF2BP1/2/3、YTHDF1/2/3等在不同细胞系中的RIP-seq和CLIP-seq数据进行了整理。此外,诸如翻译组、Co-IP质谱鉴定以及m6A-seq也给予了研究人员大量参考。可以说这个数据库绝对是大而全。下面我们将带领大家进入这款十分强悍的数据库。
打开http://m6a2target.canceromics.org/ 后,映入我们眼帘的是这个数据库非常简单粗暴的介绍。m6A2Target通过先前已发表的大量文献进行搜集运算,得到了一系列WERs(即对三类m6A甲基化酶的缩写简称)的靶基因信息。而下方的Quick Explore更是简洁明了,当你输入基因名的时候,点击GO即可在数据库后台进行运算。
我们以AML急性髓细胞白血病中一个非常著名的靶基因RARA为例来做演示。
在输入框里,输入RARA或者直接点击下方的RARA。当然你如果有感兴趣的基因名也可以输入进去,比如SOCS2、HNRNPA2B1等。
送上图中我们可以看到,物种上可以选择人和小鼠,WERs选项有多大二三十种不同的三类m6A甲基化酶,至于细胞系更是多达几十种,甚至在ID这块还贴心的囊括了Gene Symbol(也就是基因名),Ensembl ID以及Entrez酶的ID编号。
之后我们点击Search确认就进入了搜索阶段,一段时间后会有结果展示。
我们发现结果一共有三类不同的结果分类——Validated Targets、Binding和Perturbation。
从准确性来讲,Validated Target的结果最为准确,而后两者Binding和Perturbation则属于预测性质,结果不够Robust。前者我们研究了当需要靶向具体某个基因时,如何反推被这个基因或这个基因表达蛋白与上游哪些蛋白互作。
那么当我们要研究下游的靶基因(如RNA、蛋白等)并不明确时,如何从上游推导下去呢?答案是可以的。如上图所示,我们在最上面的菜单栏中发现了Validated Targets和Potential Targets两栏。
我们以Validated targets为例,点击进入界面后发现无论是物种、细胞系还是甲基化酶类型都是可以选择的。
另外由于篇幅关系,这边就不一一展开另一项神器Genome Browser——在线IGV神器。想作图的老师可以参考我们另一篇微信稿——IGV和Adobe AI制作RIP-seq Peak图简易教程 | m6A专题。
总结
对于前期已开展m6A测序但是还未开展RIP-seq的老师来说,这个数据库是已知m6A甲基化酶(特殊RNA结合蛋白)对应RIP数据库和下游靶基因最为齐全的之一。当然前期经费不充裕或者想借助他们数据助力自己研究,如引物设计、结合区域预测等需求,也可以充分利用本数据库。
作者简介
郑健
郑健,中山大学肿瘤防治中心研究员、博士生导师。近年来主要从事消化系统恶性肿瘤相关的基础和转化应用研究,2015年博士毕业于北京协和医学院,师从中国工程院院士林东昕教授,后经中山大学百人计划引进任副研究员。2016年入选国家万人计划青年拔尖人才,2017年入选广东省高等学校青年珠江学者,2019年获聘中山大学青年杰出人才正高级研究员。至今以第一或通讯作者在Nature Genetics、Gastroenterology、Nature Communications、Cancer Research等国际知名学术期刊上发表SCI论文16篇;申请国内发明专利2项和PCT国际专利1项;获2017年教育部自然科学奖二等奖。2016年,郑健作为第一作者通过对胰腺癌患者的样本进行GWAS分析,鉴定到了一条关键的抑癌lncRNA——LINC00673。这项成果最终发表在了遗传学顶级期刊Nature Genetics(Nature Genetics:林东昕院士抑癌lincRNA新研究)。2019年研究二手烟如何调控m6A修饰影响miRNA加工,并最终影响胰腺癌进展(吸烟诱导m6A上升促进miR-25-3P加工影响胰腺癌进展 | m6A专题)
左志向
左志向,副研究员,博士生导师,中山大学2015年百人计划引进人才,目前在中山大学肿瘤防治中心主要从事肿瘤生物信息领域的研究。广东省创新创业引进团队核心成员。在国际知名期刊上共发表50篇SCI,累积影响因子超过200点,H-index 21, 引用次数4000余次(Google Scholar)。以第一或者通讯作者的身份在Cancer Cell, Clinical Cancer Research, Molecular Biology and Evolution,Nucleic Acids Research,Cancer Research等国际权威杂志上发表20篇SCI。其中,2017年以共同第一作者发表在Cancer Cell上关于白血病m6A相关研究,并承担全文的生物信息分析工作(m6A去甲基化酶FTO对急性骨髓白血病有致癌作用),目前被引用次数已超过200次。多次获邀参加AACR和ASCO等国际会议并做报告。目前主持和参与多个国家和省部级科研基金项目。2019年与中科院动物所陈勇彬课题组合作,在Nature Communications上发表研究,通过m6A-seq和RIP-seq联合分析发现m6A甲基化阅读蛋白YTHDF1能够影响肺癌进展(Nat Com用户m6A文章:YTHDF1影响NSCLC进展 | m6A专题)。
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