eGTEx 何方妖孽？

大家可能都知道GTEx

Genotype-Tissue Expression， GTEx

多种组织内的转录本表达丰度在不同的个体之间存在着差异。为了了解导致这种个体差异的遗传基础，GTEx研究联盟在美国国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）的协调下开展了GTEx研究工作。迄今为止， 主要是通过血液淋巴母细胞系的研究以及容易获取的组织（例如脂肪或皮肤）的离体研究，来了解人类基因表达的遗传学机制。GTEx项目计划在大约1000具由近亲属同意捐赠的尸体中获取50多种组织类型，并在这些组织中研究全基因组范围内的序列变异与RNA测序结果之间的关联。

what is eGTEx

Nature 评论发表文章“

Enhancing GTEx by bridging the gaps    between genotype, gene expression, and    disease”提出了eGTEx的概念，你可以理解成GTEx 2.0版本，也就是GETx增强版。

目前分子细胞学已经成为人类遗传学疾病预防和治疗的一种手段。GWAS技术已经定位了很多的疾病相关区域，但是对于这些区域，其相应的突变和疾病机制知之甚少。

GTEx数据库通过整合表达谱数据、突变数据，通过其相互关系对于理解相关机制起到了很好的作用。

但是GTEx中由于样本和其他问题，存在一些研究不理想，也不深入的地方。

因为构建属于同一个个体，同一个组织的加强版的GTEx数据库是很有必要的。

Examples of integrative analyses across tissues using eGTEx

data

· Determine the relative variability of molecular phenotypes.

· Compare covariation networks across molecular phenotypes.

· Determine whether genes/proteins with loss-of-function variants are expressed. For

example, examine regulatory features, mRNA levels, and protein levels.

· Map QTLs for each molecular phenotype to determine where most functional genetic

variation resides.

· Construct integrative regulatory networks using systems genomics approaches.

· Connect regions of allele-specific chromatin accessibility, allele-specific methylation,

and allele-specific gene expression.

· Perform integrated analysis of patterns of X-chromosome inactivation.

· Quantify tissue-specific levels of somatic mutations and their relationship to

heterogeneity in gene expression levels.

· Associate levels of methylation and expression at telomere maintenance genes (for

example, TERC, TERT, DKC1) with telomere length measurements.

· Examine multi-omics enrichments of trait-associated variation.

· Support holistic predictive modeling across molecular phenotypes.