孔子是儒家思想的奠基人，更是中华文化的象征和集大成者。在中国文化里，所谓正宗，大而言之，和正统、正朔意一也。在传统概念里，上至皇家，下到平民，衣钵传承的问题上，自古礼制皆是立嫡、立长，宗法制度更是是中国传统社会的核心要素。而作为圣人之家、孔子后裔的袭封，更是一向严格遵守宗法礼制，以嫡长承袭封爵。但历史的因缘际会，却出现了孔氏的南北二宗：
北宋末年，女真人起兵南下。康王赵构即皇帝位，是为宋高宗。时孔子48代孙、衍圣公孔端友于建炎二年扈驾南渡，离曲阜去扬州陪祀，后迁居衢州，此即孔氏南宗之由来。孔端友以上传承如次：孔子44代孙文宣公孔宜生三子：延世、延泽、延渥，45代延世袭封；延世子、46代孙文宣公圣佑无嗣，后又以堂弟、45代延泽之子宗愿承继文宣公爵位。（孔宗愿，是历史上接受封爵“衍圣公”之第一人。在其之前，孔子嫡孙封号叫做文宣公，宋仁宗至和二年（1055），诏令改文宣公为衍圣公。）宗愿生四子：若蒙、若虚、若愚、若拙。宗愿之后，由其子47代孙若蒙袭封，后若蒙被废爵，改其弟若虚承袭。若虚故，仍由若蒙子端友袭封；（孔子47代孙孔若蒙生二子：端友、端操。）孔端友扈驾南渡，嘱其胞弟端操留守曲阜，代为祖庙墓庐祭祀及族务。因金兵肆虐，焚烧孔庙，不久孔端操愤懑而亡。
在衢州的孔子48代孙、衍圣公孔端友无嗣，以其弟端操四子孔玠承继；而金兵入主中原后，扶持了伪齐刘豫政权，刘豫在伪阜昌二年（公元1131年）将孔端友之弟孔端操的次子孔璠，封为“衍圣公”，主持孔庙祭祀。伪齐政权灭亡后，金熙宗天眷二年（1139年），仍封孔璠为“衍圣公”。
很清楚，最起码在这个时候，最讲究“立嫡立长”的传统礼制，已然遭受到历史因缘际会的无奈。
后来，在衢州的衍圣公一系，自端友以降，传五世而至洙，宋亡遂失爵：端操子49代孔玠、50代孔搢、51代孔文远、52代孔万春、53代孔洙均享宋“衍圣公”之封爵。
北宗孔璠是南宗孔玠的胞兄，其后传子于50代孔拯（拯无嗣，由其弟孔摠承袭。）孔摠生二子：51代元措、元紘；元措亦无嗣，由其弟元紘之孙孔浈为嗣孙。孔浈系元措侄子侧室所出，曾随生母遭嫡母之逐出，长大后复被孔元措领回作继承人，又引起元措之婿嫉恨。蒙古人搞的“户籍制”填造户籍，元措之婿将其填报于李氏门下。后因此故，孔浈被其他孔氏族人攻击为不是孔子圣裔，被免去“衍圣公”封爵。自元宪宗八年（1258）孔子53代孙孔浈被虢夺封爵后，北宗衍圣公封爵中断43年。
在这一段时间内，“衍圣公”袭爵随着宋金元的战争而不断变化。更因之出现了宋金元三个衍圣公。
在51代孔元措就任衍圣公期间，金宣宗贞祐三年（1215）七月，诏令孔元措随朝就职，曲阜祭祀事物由元措交由其族兄孔元用代摄。元灭金，元太宗复令元措继续袭衍圣公，主奉祀事；孔元用，孔宗愿三子、47代若愚五世孙，元措奉诏赴汴京后，代行曲阜奉祀和族务。金宣宗兴定四年（1220）五月，蒙古太师木华黎经略山东，奉成吉思汗令，颁元用四品印信，令其袭衍圣公爵；宋嘉定十七年（1224）宋军收复山东，授元用通直郎。次年、宋宝庆元年（1225）又命元用袭封衍圣公，世袭仙源县令。元用卒，其子52代孙孔之全袭封。元宪宗八年（1258）53代孔浈被虢夺封爵后，直至元成宗元贞元年（1295），复由孔之全子、53代孔治袭封衍圣公。孔治生子54代孔思诚，亦袭封爵（后遭罢黜）。
由是观之，在传统中国史观里，作为中国正朔的赵宋，在那时已经承认了北宗的地位。
宋亡。元至元十九年（1282）忽必烈议立孔子后，众臣以寓衢者为大宗。遂召南宗53代衍圣公孔洙赴阙，欲令其载爵回曲阜主持奉祀。孔洙以南宗先世墓庐在衢，难以离去，且感恩于曲阜族人守茔护庙，有功于祖，愿让爵于曲阜宗弟孔治，并以母老为由，乞求南还。元世祖赞曰：
“宁违荣而不违道，真圣人后也。”遂拜孔洙为承务郎、国子监祭酒兼提举浙东学校，给俸养廉，并予护持林庙玺书。（《阙里文献考·世次》）
由是而知，孔洙让爵实为辞爵。且元政府官订衢州孔氏家规悬于南孔家庙：
“衢州一派子孙，自宋衍圣公孔洙让爵于阙里子孙孔治承袭公爵……窃恐后世两派子孙互相嫌隙，妄起争端……行令在衢子孙永遵制典，恪守祖风。有违者以不忠不孝论，置之重典，永不叙录。法令昭明，人无异议。”（《孔府档案》）
元延佑三年（1316年），孔氏族人因认为世袭衍圣公54代孔思诚（孔治之子）出于旁支，非孔氏嫡长，上书请求改易长支孔浣之子孔思晦为世袭衍圣公。时元仁宗征询大臣元明善意见，明善告答确为孔思晦。后元仁宗又亲自查阅孔氏宗谱，认定应该册封孔思晦为世袭衍圣公，孔思晦也就是后来历代衍圣公的先祖。
南宗失去爵位后，逐渐衰败。也导致一些记录的“偏颇”：
元代南宗世系记载不一，概括起来，大致有三个版本：
一：孔洙——思许（演子）——克忠（思栗子或思俊子）；
二：孔洙——津（改名楷）——思许——克忠（思栗子）；
三：孔洙——楷——公许（早卒）——宏（公俊子）。
（由于南宗在元代就出现世系的这一“特殊”现象，导致彼时南宗就比北宗辈份高几代，直至今日。）
直至明弘治十八年（1505），由衢州知府沈杰奏请朝廷，于正德六年（1506）方授孔彦绳为将仕郎、世袭翰林院五经博士。自此，中断了250年之久的南宗孔氏，始又袭封，享受衍圣公次子之待遇。但孔彦绳身后，明政府又是数代未封。直至清顺治九年（1652），由65代孔衍桢复又承袭翰林院五经博士衔。
明朝承继了中国正朔，政府确定衍圣公为孔氏大宗主。南宗五经博士和颜氏、孟氏、曾氏之袭封五经博士完全一样，均受衍圣公之节制。南宗兼代衍圣公管理南宗孔氏族务。明太祖朱元璋承认了元朝所封的衍圣公为正宗，清朝皇帝继续承认了明朝所封的衍圣公为正宗，一直到77代孙孔德成先生，都是按照严格的宗法制度以嫡亲长子承袭的。从45代到77代，衍圣公的爵位共传承32世，历时880余年，先后承袭者41人。
孔氏后裔和一般贵族不同，其一直注重对其先祖孔子思想学说的承传和对其子弟的教育。据《史记》载，太史公适鲁瞻仰孔子遗迹时，曾亲见“诸生以时习礼其家”。其后，孔氏“世以家学相承，自为师友”。 历世而降，在孔子后裔中产生了许多卓有建树的名人，留下了大量有深远影响的论著。据考，历世孔子后裔有著述者２４０余人，著作６２０余种。这是孔子思想影响的直接表现，也是孔氏后裔对中国文化发展所做的重要贡献。和罗马教皇一样，这更是一个文化道统的最生动载体。尊重这个文明载体，其本质则是尊重这个文化道统。
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