在宋宁宗开禧年间（公元1205—1207年），由于政府官吏对海商贪得无厌，肆意敲榨勒索，使广州和泉州的对外贸易都遭到极大的破坏，曾出现了“此年蕃船颇疏”的景象（见《宋会要辑稿》）。但是，此时南宋统治者已认识到泉州对维护其统治的重要性，对泉州的对外贸易加倍重视，并采取了一些有效措施，特别是嘉定十年（公元1217年）真德秀任泉州要职后，改变了一些对外商苛求的作法，使海舶“至者骤增至三十六艘”（《宋史》卷四二七《真德秀传》）。从此泉州又繁荣起来了，到宋理宗宝庆元年（公元1225年），与泉州进行丝绸贸易的国家已达50多个（见《诸蕃志》），此开禧二年（公元1206年）到泉州贸易的三十几个国家（见《云麓漫钞》）还乡出20多个。而广州对外贸易则没有像泉州那样被统治者所重视，再没有出现以往的繁荣景象。可以说，南宋中期以后，泉州、广州在海上丝绸之路地位并列的局面已经改变，泉州已开始在海上丝绸之路上占据统治地位，而广州则退居第二位了。
到元朝初年，广州因在宋元交替之际屡遭战火，广州经济遭到很大破坏，许多“舶舟”被用于战争，或毁于兵火，广州对外贸易更是无法正常开展，比南宋末年更为萧条。
不过，元朝统一中国之后，政府对于海外贸易亦颇为重视，所以元代对外贸易与宋代相比并不逊色。元世祖至元十四年（公元1277年），元政府在泉州、庆元（今浙江宁波）、上海、澉浦（浙江海盐县澉浦镇）均设置市舶司，在至元二十三年，广州亦复设市舶司，从此广州对外贸易又繁荣起来，广州又为“蕃舶凑集之所，宝货丛聚”，“海人兽山之奇，龙珠犀贝之异，莫不充储于府内，畜玩于上林”。通过海上丝绸之路运入广州的外国货物“视昔有加焉”（《南海志》，见《永乐大典》卷一一九○七《广字·广州府三》），“海外真腊、占城、流求诸国蕃舶岁至，象、犀、珠玑、金、贝、名香、宝布，谱凡瑰奇珍异之物宝于中州者，咸萃于是”（杨翮：《送王庭训赴惠州照磨序》，《佩玉斋类稿》卷四）。
广州市舶的收入，在元代也颇为可观，称广州“岁时蕃舶金、珠、犀象、香药、杂产之富，充溢耳目，抽赋帑藏，盖不下巨万计”（吴莱：《南海山水人物古迹记》，《渊颖集》卷一）。同时，从广州出口的中国丝绸也日益增多，传布之地也有增加，据《南海志》和《岛夷志略）两书记载，中国丝绸由广州向外传布的情况是：
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