NONCODE数据库使用指南|一款好用的lncRNA数据库

ncRNA的研究以星火燎原之势席卷科研界，尤其是lncRNA的发现，更是受到广大学者们的热捧。尽管lncRNA的研究很火，但其仍然处于初步的探索和基础研究阶段。目前，无论是在国内还是国外都没有统一的命名规则，这也给各位研究者带来了很大的烦恼。

当各位老师拿到lncRNA数据的时，心中酸楚不言而喻。

一款实用的lncRNA数据库（NONCODE Database）帮您解决大部分问题，走起！！！

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数据库基本介绍

NONCODE DB是一款综合性的数据库，该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库，尤其是lncRNA信息，不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID（例如：NONHSAG000001）搜索，部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索。

该数据库目前收入了16个物种，主要是动物方面的，包括人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩。

数据库包含信息丰富，包括表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等，并可进行序列Blast搜索，同时支持数据下载。目前最新更新为2017年4月6日更新的版本。

数据库链接为：http://www.noncode.org

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数据库的使用

以下是数据库的页面展示

从页面模块可以看出，基于这个数据库我们可以浏览所涉及物种的全部lncRNA信息，搜索感兴趣的lncRNA，功能查看，比对，下载等。

1）已知某lncRNA 的序列信息，想知道该lncRNA基因组上位置信息，功能如何？

只需要将序列信息粘贴到blast模块，（参数默认）搜索结果如下：

（图一是参考文献及该lncRNA的NONCODE等信息，图二是具体的比对结果）

选择得分最高的第一个比对结果，将相似性比较高的转录本ID NONHSAT002796.2在search中搜索可以获得如下信息：

基本信息如下：

序列信息

表达谱信息：

数据来源等：

2）对于刚刚搜索的比较感兴趣的lncRNA进行功能的注释如下：

只需将lncRNA 的基因ID 输入到Function模块即可。

3）lncRNA的保守性分析：

在concervation模块中输入基因ID即可得到保守性分析树，如下所示：

除了以上分析，还可以将整个物种的lncRNA的数据下载下来；若是您在NCBI上找到了一个很感兴趣的lncRNA，却苦于信息有限，此时您也可以在本数据库中尝试搜索，比如：NEAT1，您会获得该lncRNA的炒鸡全的信息呢，有木有觉得这个数据库很牛？其他内容，感兴趣的童鞋们可以自行研究下。

还更多有关lncRNA数据库使用指南，敬请期待下期哦~~~