癌症相关数据库专题-CCLE

本周我们将介绍几个癌症相关的数据库，今天介绍的是CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia），它是Board Institute维护的一个癌症细胞系的数据库，目前有1,400多个cell line。

数据库简介

网站链接:https://portals.broadinstitute.org/ccle_legacy/home

我们可以在右上角的搜索框搜索Cell line、Annotation和Gene。比如我们想知道某个基因在肿瘤细胞系的高低表达，就可以在这个网站搜索该基因，大多数基因的表达情况还是能够找到的。

导航栏的ANALYSIS TOOLS，可以选择如下工具进行分析（登录后才能使用该网站的完整功能）

• Integrative Genomics Viewer (IGV)
  A high performance integrated visualization of copy number, gene expression, phenotype and other genomic data.

• GENE-E
  A high performance visualization and analysis tool for RNAi and gene expression data.

• Differential Expression
  Heat map visualization and tabular results showing the differentially expressed genes.

• Gene Neighbors
  Heat map visualization showing gene expression values for co-expressed genes.

• Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
  A report showing pathway gene sets correlated with phenotype classes of interest.