如何设计circRNA的引物并检测其特异性？（含中文操作教程）

今天我们来介绍一下circRNA的引物如何设计，以这篇文章（CircPrimer: a software for annotating circRNAs and determining the specificity of circRNA primers.BMC Bioinformatics. 2018 Aug 3;19(1):292. ）介绍的工具CircPrimer为例进行说明，如果大家以后用到了，可以引用这篇文章。

首先我们打开BIOINF（Center of Clinical Laboratory Science, Jiangsu Cancer Hospital）的网址：http://www.bioinf.com.cn/，

在上图中我们选择CircPrimer可以进行下载：

在download中可以选择circPrimer.zip或者circPrimer.rar格式的软件，也可以直接下载中文说明书。

需要说明的是，这个软件的对应的物种是human，如果你研究的是小鼠，那可以下载CircPrimer(mmu)，即上图中右侧的选项：

软件下载后打开界面是这样的：

关于具体如何使用CircPrimer软件，官方给出了9页的中文说明书，大家根据说明书直接使用即可：

我们看到这个软件的功能包括了：

（1）注释环状 RNA 的外显子和内含子构成

（2）图形化注释环状 RNA 序列在亲本基因中的功能

（3）检索 circBase 中的环状 RNA

（4）获得环状 RNA 的剪切序列和基因组序列

（5）辅助设计环状 RNA 背靠背引物

（6）辅助设计环状 RNA 引物跨剪切位点的引物

（7）测验引物的特异性

（8）图形化显示引物在环状 RNA 中的位置

（9）将序列转换为反向互补、反向和互补序列

详细的操作流程可以直接看中文说明书：

好了，大家自己去下载使用吧。