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我们又开新坑啦~
有一个感兴趣的miRNA,如何找到靶基因?不用猜,starBase帮你筛!(http://starbase.sysu.edu.cn)
例如2019年1月JCI报道了miR-155这个miRNA与肿瘤免疫有关,现在想看看这个miRNA有哪些靶基因?如何操作?
1. 在网站的左侧栏找到如下图的过滤器,输入miRNA名时无须考虑大小写即可搜索到该miRNA。
2. 以下步骤则是通过添加多种数据条件设置对靶基因进行过滤筛选。先看通过其他组学的数据进行筛选,如CLIP、降解组学、Pan-Cancer。CLIP Data和Degradome Data,这两个选项设置得越严格,筛选出来的结果越少。
Pan-Cancer选项中,设置的肿瘤数表示该interaction至少要在N个肿瘤中存在,设置的数值越大,筛选出来的结果也会越少。
3. 以下步骤则是通过预测软件条件设置对靶基因进行过滤筛选。Program Number表示该interaction要在至少在N个软件的预测结果中存在,设置的数值越大越严格。
Predicted Program展示的都是知名预测软件,可以自己选择几个过滤,默认条件是将7个预测软件的预测结果都纳入到统计中。
最下面的一个选项则根据自己的需求添加,如果想看这个miRNA与自己感兴趣的一个基因间是否有interaction,则输入基因名;盲筛寻找靶基因的时,则空着如下就行。
点击submit后结果如网页展示如下图:
操作到这里,就可以找到这条miRNA可能能靶向的基因了,可以对结果进行搜索,看看是否有你感兴趣的基因。
在结果展示框中,点击GeneName下黄色框则可查看详细信息如图:
点击预测工具名下的黄色框框,可查看详细信息如下图所示,绿色框框表示该软件认为miRNA和靶基因没有interaction。
点击上图中的【11】,展示如下图所示的结果:
操作就到这里了,这个工具用熟练了就很方便地根据多个数据和软件进行筛选。祝大家筛选顺利!
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