邓老对中西医结合的看法是一贯的，不因政治气候和形势的低谷、高潮而改变，坚持原则，而不见风使舵。他的主要见解是：
毛主席和周总理的中西医结合的思想是正确的，它需要我国中、西医的长期共同努力，最后在理论高度上结合起来，才能建立起有中国特色的医学。只有积以时日，融会贯通，才能达到水到渠成；切戒急于求成，搞简单的“凑合”。
实现中西医结合的关键不在于“西医学习中医”，要求全体西医学习中医是不现实的，也是不可能的。需要重视中医队伍的发展建设，国家在政策上要给以重视和倾斜，通过中医学的继承和发扬把中医传统的特色保留继承下来，通过现代化不断提高，与现代科学包括现代医学结合起来，发展创新，才能实现中西医结合的理想。
中医和西医两种医学都要发展，只有在高层次上的结合才能创造有特色的中国医学，说中医学和西医学是两种医学体系不能结合是错误的。
西医学习中医的科研成果应当肯定，“西学中”队伍是一支重要力量，不容忽视，应该发展。他们过去在经络研究、针麻研究、小夹板固定治疗骨折、急腹症非手术治疗等方面所取得的成果不容否定，应该支持他们发展。对西医学习中医，实行中西医结合应该鼓励。
中医院的建设思想。他认为中医院要有一流的中医，也要有一流的西医。就是说要把中医院建设成“西医院有的我也有；西医院没有的我也有”，要突出中医的特色。现在广州中医药大学的附属医院都是按照这种思想建设的。如对广东省中医院，邓师首先要求中医骨干们认真温课，进而穿针引线地邀请全国名老中医十余人来院，让骨干们向其拜师学习，继承名老中医们的学术；此外，还倡导、组织这些骨干外出学习中医、西医，使他们成为拔尖的人才。
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邓师还认为西医的发展、新手术的开展为中医提供了新的展现才华的舞台，是自古以来中医所未有，是与时俱进的产物。例如，西医对冠心病心肌梗死的抢救用搭桥、放支架等手术，在围手术期、手术后，中医大有用武之地，改善症状、防止粘连、消除血流动力学和血液流变学的病理改变，中医都能派上好用场。邓师曾作为广州中医药大学第二附属医院广东省中医院心脏科带头人，这方面进行了深入研究，并已取得成果。
在中西医结合中创新。中医在几千年的实践中积累了丰富的经验，可以运用其理论与辨证方法处理许多未识的疾病。2003年SARS突然袭来广东，在西医与中医，都属于未识之病，西医在病源学不明确的条件下无法突出对因治疗，中医则按温病的卫气营血、三焦辨证治疗，中西医结合，取得了很好的疗效。邓师在广东抗击SARS中出谋划策，认为是春温伏湿，岁时湿热太甚。帮助二附院制定辨证治疗方案，分早、中、极、恢复四期，九个型，以十个基本方治疗。他还在二线指导重症病人救治，对赴港援助抗击SARS的专家进行远程指导，付出了很大的精力。并上书党中央、国务院，建议全国中医应尽早介入SARS的治疗。他认为对SARS的抗击说明了中西医学结合的必要性和可能性；也说明中医只有在学术上具有良好的水平和丰富的临床经验才能介入其中，取得疗效和创新的经验。中国香港医馆局的统计学处理认为中西医结合治疗SARS，可以改善症状，缩短住院天数，减少类固醇使用量和天数。当年WHO公布的SARS死亡率（%）全球13%～14%，中国香港17%，中国台湾11%，中国大陆是6.6%（60%中医介入），其中广东为5.1%，最低。
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